Pada bagian kelima adalah menjelaskan tentang nisbah atau keterkaitan pengelompokan antara ilmu, filsafat, dan agama. Dimana si penulis menjelaskan pula dimana titik persamaan, titik perbedaan dan titik singgung yang mencakup tiga hal tersebut. Titik persamaan dari ketiganya ialah sama-sama bertujuan untuk memecahkan masalah serta mencari sebuah kebenaran dengan caranya masing-masing. Titik perbedaannya kalau ilmu pengetahuan mencari kebenaran dengan jalan penyelidikan, pengalaman, dan percobaan, sedangkan filsafat menghampiri kebenaran dengan cara memanfaatkan potensi akal yang terikat dengan logika sedangkan Agama membahas dan mempertanyakan berbagai masalah yang bersifat mendasar. Keterkaitan antara tiga hal ini sangat berguna bagi setiap ahli di bidangnya masing-masing. Bagi seorang Sarjana Ilmu Pengetahuan Alam, Al Qur'an merupakan buku tentang alam semesta. Bagi seorang ahli sosial dan cultural scientist (sarjana ilmu pengetahuan dan budaya), al-Qur'an ini merupakan buku tentang manusia. Bagi seorang teolog (sarjana studi ketuhanan), al-Qur'an merupakan buku tentang tuhan dan ketuhanan. Bagi seorang filsuf (ahli filsafat), al-Qur'an merupakan buku mengenai berbagai masalah mendasar yang menjadi bahan perbincangan filsafat dari masa ke masa. Agama (al-Qur'an) memberikan sebuah motivasi pengarahan dan tujuan kepada ilmu (dan agama). Karena pada dasarnya, didalam agama terdapat rambu-rambu yang mengatur seluruh segi kehidupan manusia. Jadi, dapat disimpulkan bahwa antara Ilmu, Filsafat, dan Agama adalah satu kesatuan yang saling berkaitan yang mencakup semua aspek yang dibutuhkan manusia dalam rangka mencari kebenaran suatu perkara, dengan keyakinan yang haqiqi.
