Penetapan Gunung Mutis sebagai cagar alam merupakan keputusan penting, mengingat Gunung Mutis disebut sebagai gunung dan hutan yang tidak terlepas dari peradaban atoin meto di Pulau Timor.
Gunung Mutis memiliki hutan homogen yang didominasi oleh tanaman Ampupu yang tersebar cukup luas secara alami di ketinggian sekitar 2.500 mdpl.
Jenis flora selain ampupu adalah bijama, haubesi, cemara gunung, kasuari, matoi, oben, cendana serta jenis paku-pakuan dan rumput-rumputan. Sedangkan fauna yang ada diantaranya rusa timor, kuskus, babi hutan, biawak timor, ular sanca timor, ayam hutan dan lainnya.
Selain itu, berdasarkan hasil penelitian Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia, Perguruan Tinggi, BKSDA NTT, WWF Nusa Tenggara menunjukkan bahwa terdapat 32 jenis burung, 16 jenis kupu-kupu, 3 jenis lebah madu dan 9 jenis mamalia.
Dengan keanekaragaman hayati yang ada, pegunungan Mutis dijadikan sebagai lahan gembala ternak sapi dan hewan peliharaan berupa kuda yang ada hingga saat ini. Juga, merupakan habitat lebah madu yang menghasilkan kualitas madu dan lilin nomor 2 di dunia.Â
Praktek penggembalaan ternak dan proses pemanenan lebah madu masih dilakukan secara tradisional dan dengan ritual adat atoin meto yang mengedepankan hukum konservasi masyarakat adat demi mengontrol potensi ekploitasi yang membabi-buta.
Dengan keanekaragaman hayati yang tumbuh di atas batu marmer atau faut kanaf (batu suku/marga) para amaf dan usif di Mollo dalam tradisi atoin meto, Gunung Mutis merupakan sumber air yang mengairi pulau Timor bagian barat. Dari pengunungan Mutis mengalir deras dua aliran sungai.
Sungai terbesar dan sungai terpanjang di pulau Timor. Sungai terbesar adalah Noelmina yang mengalir dari Mutis dan mengairi bagian selatan Kabupaten TTS hingga Kabupaten Kupang sementara sungai terbesar adalah Noel Benenani yang mengalir dari Mutis hingga Kabupaten Malaka.
Sumber mata air yang tersedia di gunung Mutis pun tidak dapat dipandang sebelah mata. Mata air Bonleu dari Mutis melayani seluruh masyarakat Kota Soe dari dulu hingga kini yang dikelola oleh Perusahaan Daerah Air Minum (PDAM Kabupaten TTS). Mata air lainnya menghidupi sebagian besar masyarakat Kabupaten TTU dengan salah satu pabrik air mineralnya, Mutisqua.
