Polemik ekspor dan budidaya benih lobster adalah topik lama yang kembali diangkat oleh Edhy Prabowo. Susi Pudjiastuti melarang, Edhy Prabowo mengizinkan. Ada Luhut Panjaitan yang campur tangan.
Keputusan Edhy Prabowo mencabut Peraturan Menteri Kelautan dan Perikanan Nomor 56/2016 tentang Larangan Penangkapan dan/atau Pengeluaran Lobster, Kepiting dan Rajungan dari Wilayah Negara Republik Indonesia khususnya pasal 7 yang mengatakan setiap orang dilarang menjual benih lobster untuk budidaya menuai polemik.
Menteri Kelautan dan Perikanan sebelumnya, Susi Pudjiastuti pun angkat bicara. Melalui akun twitternya, Susi mengatakan bahwa ekspor benih lobster mengancam keberadaan lobster atau bisa saja menjadi krustasea yang akan punah dalam suatu waktu. Ia berharap, lobster yang memiliki nilai ekonomis tinggi jangan sampai menjadi punah.
"Lobster yang bernilai ekonomi tinggi tidak boleh punah, hanya karena ketamakan kita untuk menjual bibitnya, dengan harga seperseratusnya pun tidak," tulis Susi.
Rupanya hal tersebut merupakan salah satu alasan mengapa ia melarang ekspor dan budidaya benih lobster selama masa kepemimpinannya. Pasalnya, larangan tersebut tidak semata-mata diterbitkan tetapi memiliki tujuan yang hendak dicapai yaitu untuk meningkatkan nilai tambah dari lobster itu sendiri sebelum diperjualbelikan di pasar global dan mencegah keuntungan yang diperoleh oleh negara lain dibandingkan dengan Indonesia yang kaya akan krustasea ini.
Sedangkan menurut Edy Prabowo, Pencabutan peraturan menteri tersebut semata-mata untuk mendengarkan semua suara. Lagipula, ekspor benih lobster bisa memberi dampak pada pertumbuhan ekonomi dan juga mencegah penyelundupan ekspor benih lobster yang selama ini terjadi.
Memang selama larangan ekspor benih lobster dan budidayanya, Susi Pudjiastuti mendapat protes keras dari beberapa nelayan yang hidupnya tergantung pada penjualan lobster seperti yang terjadi di Provinsi Nusa Tenggara Barat (NTB) dan Nusa Tenggara Timur (NTT).
Susi pun selalu mempertahankan peraturan menteri yang ia terbitkan, meski topik ekspor benih lobster selalu menjadi perdebatan antara dirinya dengan Luhut Panjaitan.
Oleh karena itu, bisa disimpulkan bahwa pencabutan larangan ekspor dan budidaya benih lobster bukan semata-mata keputusan Edhy Prabowo. Luhut Panjaitan sebagai Menteri Koordinator Bidang Kemaritiman merupakan sosok yang patut dicurigai ikut campur tangan dalam urusan ini.
April 2019, Luhut Panjaitan sebagai Menteri Koordinator Bidang Kemaritiman untuk kesekian kalinya meminta  kepada Susi Pudjiastuti untuk merevisi peraturan menteri tentang pelarangan ekspor dan budidaya benih lobster tersebut.
Luhut memiliki alasan yang sama dengan Edhy Prabowo bahwa dihapusnya pasal 7 dalam Peraturan Menteri Kelautan dan Perikanan Nomor 56/2016 bahwa ekspor benih lobster akan memberikan keuntungan bagi nelayan dari segi ekonomi.