Permasalahan yang berkaitan dengan reformasi birokrasi pasca era reformasi seperti tidak tersentuh sama sekali.
Keberadaan pegawai negeri sipil dalam sistem birokrasi telah diatur dalam Undang-Undang Nomor 43 Tahun 1999 tentang Pokok-Pokok Kepegawaian khususnya Pasal 3 ayat (1). Pegawai negeri berkedudukan sebagai unsur aparatur negara yang bertugas untuk memberikan pelayanan kepada masyarakat secara profesional, jujur, adil, dan merata dalam penyelenggaraan tugas negara, pemerintahan, dan pembangunan.
Menjadi sebuah persoalan akhir-akhir ini mengusik dan menyakiti publik di saat pegawai negeri telah mendapatkan kenaikan gaji, berbagai tunjangan dan remunerasi serta seabrek fasilitas pendukung untuk mempermudah kinerja dari mulai kendaraan dinas, rumah dinas dan lainnya--ternyata masih dianggap kurang hingga akhirnya melawan hukum yaitu korupsi, suap dan menerima gratifikasi serta masih banyak modus operandi lain yang berakhir pada perbuatan koruptif.
Birokrasi Indonesia sesungguhnya tidak beranjak dari sistem birokrasi kolonial yang hakekatnya merupakan alat kekuasaan dan pelayan penguasa. Bukan merupakan alat dari suatu sistem yang memberikan pelayanan maksimal kepada masyarakat atau publik dalam rangka melayani tugas negara, pemerintahan dan pembangunan--apa yang menjadi kebutuhan untuk memberikan kemudahan dalam berbagai hal yang seharusnya diberikan demi kepentingan publik yang membutuhkan.
Berbagai keluhan yang muncul pada birokrasi saat ini khususnya di Indonesia dan birokrasi di dunia pada umumnya sebagaimana disampaikan Kepala Unit Kerja Presiden Bidang Pengawasan dan Pengendalian Pembangunan (UKP4), Kuntoro Mangkusubroto, “birokrat hanya memikirkan remunerasi dan mobil dinas. Sedikit sekali PNS yang mau memikirkan rakyat". Birokrasi kecenderungannya memikirkan dirinya sendiri. Itu gejala dunia. Apa yang dipikiran birokrasi itu ya remunerasi, standar mobil, standar rumah, SPJ.
Perilaku korupsi pegawai negeri
Persoalan dugaan korupsi yang dilakukan pegawai negeri bukan semata perbuatan berdiri sendiri tetapi tertopang oleh sistem birokrasi yang koruptif. Persoalan korupsi muncul, pertama diawali proses rekruitment PNS yang tidak transparan menjadi cacat bawaan, pemberian reward tidak didasar prestasi kerja tetapi lebih kepada faktor kedekatan bawahan dengan atasan. Punishment yang tidak memberikan efek perbaikan yang signifikan.
Kedua, sementara birokrasi dalam manajemen pegawai negeri sipil adalah keseluruhan upaya-upaya untuk meningkatkan efisiensi, efektivitas dan derajat profesionalisme penyelenggaraan tugas, fungsi dan kewajiban kepegawaian. Ini meliputi perencanaan, pengadaan, pengembangan kualitas, penempatan, promosi, penggajian, kesejahteraan dan pemberhentian. Meski secara teori linier sebagaimana diharapkan tetapi dalam praktik keseharian sebagian banyak penyimpangan dengan demikian pengendalian internal atau pengawasan internal tidak berjalan sebagaimana mestinya. Ketiga, ketidaktransparanan dan akuntabilitas dalam sistem birokrasi yang berjalan selama ini menutup pintu partisipasi publik baik dalam memberikan masukan--kritik dan mendapatkan hak-haknya untuk memperoleh pelayanan sebagaimana mestinya oleh birokrasi yang notabenenya adalah pegawai negeri sipil.
Pegawai negeri sipil di negara berkembang seperti  di Indonesia menduduki tempat prestisius di samping politisi dan pengusaha. Kenapa demikian? Sebab kedudukan pegawai negeri sipil menjadi suatu tempat yang nyaman dan memberikan massa depan yang menjajikan daripada profesi lainnya. Tetapi menjadi amat memalukan mengetahui perilaku PNS muda 50 persen yang diduga memiliki rekening gendut miliaran rupiah dari hasil melakukan tindak pidana korupsi. Di tahun 2011 setidaknya terdapat kasus 436 kasus korupsi dengan jumlah tersangka 1.053 orang. Potensi kerugian negara akibat korupsi ini adalah Rp2.169 triliun. Kebanyakan pelaku korupsi ini memiliki latar belakang pegawai negeri sipil (PNS).
Reformasi birokrasi
Permasalahan yang berkaitan dengan reformasi birokrasi pasca era reformasi seperti tidak tersentuh sama sekali. Hal ini menjadi tanda tanya setelah pergantian rezim dari orde baru ke reformasi tidak memberikan pengaruh apapun. malah semakin parah dari rezim sebelumnya. Reformasi hanya dipandang sebagai pergantian kepemimpinan dalam rangka menurunkan Soeharto sebagai presiden hingga sekarang sudah empat kali pergantian presiden namun reformasi birokrasi tidak menunjukan tanda-tanda perubahan berarti. Malah semakin hari korupsi yang diduga dilakukan oleh pegawai negeri sipil semakin meningkat seperti terlegitimasi oleh sistem yang ada menyebar ke segala lini birokrasi, baik secara horizontal di pemerintahan pusat dan secara vertikal di pemerintahan daerah.