Terlepas dari kekhawatiran tersebut, pencabutan Instruksi Presiden Nomor 14 pada akhirnya membuka jalan bagi partisipasi politik dan keterlibatan masyarakat sipil yang lebih besar di Indonesia. Ini membantu untuk membangun sistem politik yang lebih terbuka dan demokratis, dan menyebabkan suara yang lebih luas terdengar dalam wacana politik negara.
Peraturan kontroversial lainnya  adalah Keputusan Presiden No. 6 Tahun 2000 sebagai pengganti dari dicabutnya Instruksi Presiden Nomor 14 tahun 1967, yang memberikan grasi kepada anggota Partai Komunis Indonesia yang telah dipenjara atau diasingkan sejak tahun 1960-an. Seperti keputusan serupa Habibie, peraturan ini mendapat tentangan dari kelompok konservatif, yang melihatnya sebagai upaya untuk menghidupkan kembali komunisme di Indonesia.
Terlepas dari kontroversi ini, Wahid dipuji secara luas atas upayanya mempromosikan demokrasi dan hak asasi manusia di Indonesia. Dia membantu mendirikan Komisi Nasional Hak Asasi Manusia dan mencabut pembatasan terhadap pers, memungkinkan kebebasan berbicara yang lebih besar.
Pada tahun-tahun sejak kepresidenan Gus Dur, Indonesia terus bergulat dengan banyak masalah yang sama yang diangkat selama masa jabatannya. Negara ini telah membuat kemajuan menuju demokrasi dan hak asasi manusia yang lebih besar, tetapi tantangan yang terus berlanjut seputar korupsi, ketidaksetaraan, dan intoleransi agama tetap ada.
Secara keseluruhan, meskipun kepresidenan Wahid ditandai dengan peraturan dan kebijakan yang kontroversial, upayanya untuk mempromosikan demokrasi dan hak asasi manusia memiliki dampak yang bertahan lama pada lanskap politik Indonesia.
- Â Masa Kepresisdenan Megawati Sukarnoputri
Megawati Sukarnoputri menjabat sebagai Presiden kelima Indonesia dari tahun 2001 hingga 2004, menyusul  pendahulunya Abdurrahman Wahid. Selama menjabat, Megawati mengeluarkan beberapa peraturan kontroversial yang menuai kritik dari berbagai lapisan masyarakat Indonesia.
Salah satu peraturan yang paling kontroversial adalah Keputusan Presiden No. 1 Tahun 2002 yang memberikan amnesti kepada anggota Gerakan Aceh Merdeka (GAM) yang memperjuangkan kemerdekaan di Provinsi Aceh. Meskipun dekrit tersebut dipandang sebagai langkah positif menuju perdamaian dan rekonsiliasi, dekrit tersebut dikritik oleh beberapa pihak yang merasa bahwa dekrit tersebut terlalu memberikan keringanan hukuman kepada kelompok separatis.
Megawati juga mengeluarkan beberapa peraturan yang bertujuan untuk mendorong pembangunan ekonomi, tetapi oleh sebagian orang dipandang lebih menguntungkan investor asing daripada bisnis Indonesia. Salah satunya adalah Peraturan Presiden No. 36 Tahun 2001 yang melonggarkan pembatasan kepemilikan asing pada bank-bank Indonesia. Kritikus berpendapat bahwa ini akan menyebabkan hilangnya kendali atas sektor keuangan negara.
Peraturan kontroversial lainnya adalah Peraturan Presiden No. 10 Tahun 2002 yang memberikan otonomi lebih besar kepada daerah di Indonesia. Meskipun peraturan tersebut dimaksudkan untuk mempromosikan desentralisasi dan meningkatkan tata kelola, peraturan tersebut juga menimbulkan kekhawatiran tentang peningkatan korupsi dan ketidaksetaraan.
Selain itu kebijakan privatisasi BUMN juga turut menjadi kebijakan kontroversial masa itu. Kebijakan tersebut dipandang sebagai respon terhadap krisis ekonomi yang melanda Indonesia pada akhir tahun 1990-an, yang menyebabkan keterpurukan ekonomi negara secara besar-besaran.
Terlepas dari kontroversi ini, Megawati dipuji secara luas atas upayanya mempromosikan demokrasi dan hak asasi manusia di Indonesia. Dia membantu mendirikan Komisi Nasional Hak Asasi Manusia dan mencabut pembatasan terhadap pers, memungkinkan kebebasan berbicara yang lebih besar.
- Masa Kepresidenan Susilo Bambang Yudoyono
