Museum 2 berisi koleksi tentang perang Gerilya dengan Sistem Pertahanan Rakyat Semesta. Mulai dari tandu dan selop yang digunakan Jenderal Soedirman dalam memimpin perang Gerilya, meja, kursi, peralatan makan dan minum yang digunakan untuk menjamu Jenderal Soedirman, Piagam Veteran, Surat Tanda Jasa dan Bintang Gerilya yang diberikan sebagai tanda jasa dalam perjuangan bangsa dan negara, pesawat BC.375 sebagai pemancar radio pada masa perang gerilya, dan masih banyak lagi.
Museum 3 berisi koleksi yang berhubungan dengan Serangan Umum 1949. Mulai dari  evokatif/situasi dapur umum pada agresi militer Belanda II, meja kursi tamu selama agresi militer Belanda II, sepeda simplex yang digunakan untuk melancarkan hubungan antar sekte, alat cetak proef copy, dan yang lainnya.
Terakhir pada museum 4 berisi koleksi Yogyakarta sebagai  Ibu Negara Republik Indonesia. Dimana di dalamnya terdapat meja kerja Sri Sultan Hamengku Buwono IX, meja, kursi tamu yang dipakai Wapres Mohammad Hatta di rumah dinas Yogyakarta, duplikat bendera pusaka, tempat tidur yang dipakai Ir. Soekarno sewaktu Yogyakarta menjadi Ibukota RI, dan masih banyak lagi koleksi yang lain.
Kemudian pada lantai kedua terdapat ruang diorama dengan total 10 diorama. Dimana diorama ini disajikan dalam bentuk 3D yang bisa dinikmati oleh para wisatawan. Adapun beberapa diorama yang ada seperti penyerahan tentara Belanda terhadap lapangan terbang Maguwo 19 Desember 1948, panglima besar Jenderal Soedirman yang melaporkan kepada Presiden RI untuk memimpin perang Gerilya, pengasingan Presiden, Wapres, dan pemimpin lain ke Sumatera 22 Desember 1948, serta beberapa diorama lainnya. Tidak lupa juga, di bagian luar lantai 2 juga terdapat relief atau lukisan dinding yang menggambarkan serangkaian peristiwa-peristiwa pada masa perjuangan.
Dan pada lantai ketiga terdapat ruang Garbha Graha, yaitu ruang hening untuk mengenang kembali sejarah perjuangan bangsa Indonesia, khususnya yang mendoakan arwah para pahlawan yang telah gugur saat perjuangan. Dimana pada bagian tegah ruangan terdapat bendera merah putih berkibar yang melambangkan kemerdekaan bangsa Indonesia. Wisatawan diharapkan untuk tetap tenang, tidak berisik dan menimbulkan kegaduhan sebagai bentuk penghormatan kepada para pahlawan yang telah gugur memperjuangkan kemerdekaan Indonesia.
Di samping itu, bangunan monumen ini dikelilingi oleh kolam yang dimana terdapat 4 jalan di sisi yang berbeda untuk menuju bangunan utama. Wisatawan dapat berinteraksi dengan ikan-ikan yang ada di kolam dengan memberikan makan ikan yang sudah disediakan di sekitar kolam. Wisatawan hanya perlu membayar seharga 1rb untuk satu wadah kecil makan ikan. Hal inilah yang menjadi kesenangan tersendiri saat berkunjung kesini. Karena banyak ikan yang berdatangan untuk saling berebut makanan.Â
