2. MTs Darul Qur'an Wahid Hasyim
Sama seperti MTs Wahid Hasyim, MTs Darul Qur'an atau yang biasa dikenal dengan MTs DaQu ini merupakan lembaga pendidikan Islam modern berbasis pesantren. Yang membedakan ada pada penekanan lebih pada program Tahfidzul Qur'annya. Dimana para santri / siswanya dibimbing secara intensif agar disiplin dan istiqomah dalam menghafal Al-Qur'an.Â
Program Unggulan yang dimiliki seperti Akhlaqul Karimah, Program Intensif Tahfidzul Qur'an, Penguasaan Bahasa Asing, dan Program Percepatan Membaca Kitab.Â
3. SMP Sains Al-Qur'an
Selain MTs Wahid Hasyim dan MTs DaQu, ada juga SMP Sains Al-Qur'an yang menjadi lembaga pendidikan di bawah naungan Pondok Pesantren Wahid Hasyim Yogyakarta. SMP Sains Al-Qur'an ini lebih menekankan pada penguasaan Sains dan Teknologi yang sesuai dengan 4 Program Unggulan yang dimilikinya, yaitu : Penanaman Akhlaqul Karimah, Program Tahfidzul Qur'an, Penguasaan Bahasa Asing, serta Penguasaan Sains dan Teknologi.
4. Madrasah Aliyah Wahid Hasyim
Di jenjang selanjutnya, ada lembaga Madrasah Aliyah Wahid Hasyim atau yang biasa dikenal dengan MA WH. MA WH ini merupakan lembaga pendidikan tertua dibandingkan lembaga pendidikan lainnya. Sekarang ini, sudah sampai pada angkatan ke-35.
Sama seperti lembaga pendidikan MTS/SMP sederajat, Madrasah Aliyah Wahid Hasyim merupakan lembaga pendidikan Islam modern berbasis pesantren yang memiliki 4 program unggulan. Keempat program unggulan tersebut yaitu Penanaman Akhlaqul Karimah, Tahfidzul Qur'an, Pemahaman Kitab Kuning, dan Penguasaan Bahasa Asing.Â
Di MA WH sendiri lebih banyak mengkaji atau mempelajari kitab kitab kuning, seperti Bulughul Maram, Ilmu Tafsir, Shifatus Sholat, dan masih banyak lagi.