Banyak orang terjebak dalam kesalahan ketika mereka menginginkan agar Al-Qur'an itu mengandung segala teori ilmiah. Setiap muncul teori baru mereka mencarikan kemungkinannya dalam ayat Al-Qur'an. Lalu ayat tersebut mereka takwilkan sesuai dengan teori ilmiah mereka.
Sumber kesalahan tersebut terletak pada teori-teori ilmu pengetahuan yang selalu baru dan timbul sejalan dengan hukum kemajuan. Dengan demikian, ilmu pengetahuan selalu berada dalam kekurangan dan akan selalu seperti ini sampai dengan mendekati kebenaran dan mencapai tingkat keyakinan.
Orang yang menafsirkan Al-Qur'an dengan hal-hal yang sesuai dengan ilmu pengetahuan dan berusaha keras untuk menyimpulkan segala persoalan yang muncul, sebenarnya telah berbuat jahat terhadap Al-Qur'an meskipun mereka sendiri mengira bahwa mereka telah melakukan suatu kebaikan. Sebab hukum ilmu pengetahuan adalah relatif yang tunduk pada kemajuan-kemajuan zaman yang selalu berubah. Jika kita mengaitkan suatu teori ilmiah dengan suatu ayat Al-Qur'an,dan pada suatu ketika ternyata terjadi anti tesis dari teori tersebut,maka seolah-olah Al-Qur'an juga mempunyai kesalahan. Nah,hal inilah yang sebaiknya kita hindari.
Kemu'jizatan ilmiah Al-Qur'an bukanlah terletak pada pencakupannya akan teori-teori ilmiah yang selalu baru dan berubah serta bukan merupakan hasil usaha manusia dalam penelitian dan pengamatan. Tetapi hal tersebut terletak pada dorongan untuk berpikir dan menggunakan akal. Al-Qur'an mendorong manusia agar memperhatikan dan memikirkan alam. ia tidak membatasi aktifitas dan kekreatifan akal dalam memikirkan alam semesta,ataupun menghalangi dari penambahan ilmu pengetahuan yang dapat dicapai oleh nya. Dalam kitab-kitab agama terdahulu itu tidak ada yang memberikan jaminan sedemikian rupa seperti yang diberika oleh Al-Qur'an.
Semua persoalan atau kaidah ilmu pengetahuan yang telah sempurna dan meyakinkan,merupakan salah satu bentuk manifestasi dari pemikiran valid yang dianjurkan Al-Qur'an,dan tidak ada petentangan sedikitpun yang berkaitan dengan hal ini. Ilmu pengetahuan telah maju dan telah banyak juga permasalahan-permasalahan yang muncul,namun apa yang telah ditetapkan daripadanya tidak ada yang bertentangan sedikitpun dengan salah satu ayat-ayat Al-Qur'an. Hal ini saja sudah merupaka sebuah mu'jizat.
Allah SWT. dalam firman-Nya nya yaitu Surat Fatir ayat 27-28, telah menjelaskan beberapa ilmu yang meliputi ilmu falak,botani,geologi,dan zoologi. Didalam Al-Qur'an juga terdapat isyarat-isyarat ilmiah yang diungkapkan dalam konteks hidayah. Misalnya,perkawinan tumbuh-tumbuhan itu ada yang dhati dan ada yang khalti. Yang pertama adalah tumbuhan yang bunganya telah mengandung organ jantan dan betina. Yang kedua ialah tumbuhan yang organ jantannya terpisah dari organ betina, seperti halnya pohon kurma, sehingga perkawinan pohon kurma itu melalui perpindahan. Dan salah satu yang menjadi sarana perpindahannya adalah angin. Hal ini telah Allah SWT jelaskan dalam firmannya Surat Al-Hijr ayat 22.
Sudah menjadi kepercayaan yang telah mengakar bahwa atom adalah bagian yang tidak dapat dibagi-bagi. Sedang dalam Al-Qur'an dinyatakan:
وَمَا تَكُوْنُ فِيْ شَأْنٍ وَّمَا تَتْلُوْا مِنْهُ مِنْ قُرْاٰنٍ وَّلَا تَعْمَلُوْنَ مِنْ عَمَلٍ اِلَّا كُنَّا عَلَيْكُمْ شُهُوْدًا اِذْ تُفِيْضُوْنَ فِيْهِۗ وَمَا يَعْزُبُ عَنْ رَّبِّكَ مِنْ مِّثْقَالِ ذَرَّةٍ فِى الْاَرْضِ وَلَا فِى السَّمَاۤءِ وَلَآ اَصْغَرَ مِنْ ذٰلِكَ وَلَآ اَكْبَرَ اِلَّا فِيْ كِتٰبٍ مُّبِيْنٍ ٦١
Engkau (Nabi Muhammad) tidak berada dalam suatu urusan, tidak membaca suatu ayat Al-Qur'an, dan tidak pula mengerjakan suatu pekerjaan, kecuali Kami menjadi saksi atasmu ketika kamu melakukannya. Tidak ada yang luput sedikit pun dari (pengetahuan) Tuhanmu, walaupun seberat dharah (atom), baik di bumi maupun di langit. Tidak ada sesuatu yang lebih kecil dan yang lebih besar daripada itu, kecuali semua tercatat dalam kitab yang nyata (Lauh Mahfuz).Maksudnya,ayat diatas menyatakan bahwa atom bukan merupakan benda terkecil yang tidak bisa dibagi lagi.
Isyarat-isyarat ilmiah dan hal-hal yang serupa dengannya yang terdapat dalam Al-Qur'an itu datang dalam konteks petunjuk Ilahi, hidayah ilahiyah. Dan akal manusia boleh mengkaji lebih dalam lagi akan hal-hal tersebut,tidak ada pembatasan sama sekali. Sesungguhnya hakikat Qur'ani adalah hakikat yang final,pasti dan mutlaq. Sedang apa telah dicapai manusia dalam penelitiannya,seberapapun canggih alat penelitian yang digunakan, adalah hakikat yang tidak final dan tidak pasti. Sebab hakikat-hakikat tersebut terikat dengan aturan-aturan penelitian dan kondisi yang melingkupi serta peralatannya merupakan kesalahan metodologis, berdasarkan ilmiah manusia itu sendiri, menghubungkan hakikat-hakikat final Qur'ani dengan hakikat yang tidak final, yakni segala yang dicapai ilmu pengetahuan manusia.
