Pada akhir pemerintahan Soeharto justru mendapatkan tekanan dari beberapa pihak agar mengundurkan diri dari jabatannya sebagai presiden.Mereka menilai bahwa banyak sekali kekurangan atau kesalahan yg telah dilakukan oleh beliau selam menjabat sebagai presiden.Setelab mendapatkan tekanan dari beberapa pihak beliau pada tahun 1998 mengundurkan diri sebagai presiden dan kemudian digantikan oleh Bj.Habibie.
Mulai pada saat itulah hubungan bilateral Antara Indonesia Dan Malaysia mulai mengalami permasalahan yg muncul akibat pergantian kepemimpinan di Indonesia Karena pemimpin baru sebelumnya belum memahami karakteristik negara yg terkadang lebih cenderung mementingkan kepentingan kelompoknya saja.
Di Indonesia juga memiliki sebuah parlemen yg dibagi menjadi dua yaitu MpR dan DPR yg dimana masing-masing mempunyai tugas yg berbeda namun masih pada satu tujuan yg sama.DPR meskipun boleh melakukan kebijakan sendiri tetap wajib mematuhi segala yg diperintahkan oleh MPR.Hal inilah dikarenakan oleh posisi MPR merupakan lembaga tertinggi yg ada di Indonesia bahkan seorang presiden pun harus mematuhi apa yg diperintahkan oleh MPR.
Malaysia adalah sebuah negara yang hampir mirip dengan Indonesia baik itu kondisi masyarakat maupun politik.Kedua negara ini sama-sama berasal dari ras yg Melayu dan mayoritas beragama Islam.Letak negaranya juga dekat dengan pulau Kalimantan.
Malaysia mempunyai dua kawasan utama yang terpisah oleh laut Cina Selatan yaitu semenanjung Malaysia yg berdekatan dengan Thailand Utara dan Singapura selatan,dan Malaysia timur bagian Utara pulau Borneo yg berdekatan dengan Indonesia selatan dan Brunei Utara.Walaupun negaranya terbagi menjadi dua namun memiliki kekuasaan pemerintah dibawah kendali oleh  Raja.
Malaysia memperoleh kemerdekaan pada tanggal 31 Agustus 1957 dari pemerintahan Inggris, Pengakuan kemerdekaan inilah tidak mudah didapatkan oleh Malaysia karena harus melalui sebuah penantian yg panjang dan juga perlawanan dari para pejuangnya.Penderitaan yg dialami penduduk Malaysia tidak separah Indonesia yg meskipun terjajah masih tetap mendapatkan sedikit perhatian dari Inggris dan salah satu nya dalam bidang perekonomian.Daerah semenanjung Malaysia mempunyai prospek sangat cerah di bidang ekonomi Inggris yg mengajarkan tentang bagaimana cara mengelola kualitas manusianya agar mampu bersaing melawan orang-orang Thailand dan sekitarnya.
Sedangkan didalam bidang politik Malaysia adalah sebuah negara yg masih menjalankan aturan yg dikeluarkan oleh pihak kerajaan yg masih sangat patuhnya masyarakat Malaysia terhadap keputusan yg dikeluarkan oleh Raja yg mempunyai sebuah panggilan khusus yaitu Sri Paduka Baginda Yang di-Pertuan Agong yg berhak untuk mengatur dan mengeluarkan perintah yg harus dikerjakan oleh semua rakyat Malaysia tanpa terkecuali terhadap masa depan Malaysia.
Kedekatan letak geografis Indonesia dan Malaysia merupakan salah satu faktor mendorong kedua negara untuk menjalin sebuah hubungan yg tidak dapat berdiri sendiri tanpa melibatkan bantuan dari pihak lainnya.Namun kedekatan wilayah itulah yg juga sangat beresiko menimbulkan sebuah konflik yg didasari atas keinginan untuk memenuhi kepentingan negaranya tanpa menghiraukan kepentingan negara lainnya.Hal tersebut juga sempat membayangi Indonesia untuk menjalin hubungan bilateral dengan Malaysia.Salah satu permasalahan yg sangat besar adalah adanya keinginan dari pemerintah Inggris dan Malaysia untuk menggabungkan pulau Kalimantan agar masuk kedalam wilayah kekuasaan Malaysia.Perselisihan ini sempat berjalan lama karna awalnya tidak ada pihak yg mau mengalah dan sama-sama bersikeras mendapatkan pulau Kalimantan.Soekarno mulai mengirim orang-orang untuk masuk ke Malaysia untuk mencari informasi tentang apa yg mereka lakukan.Setalah beberapa waktu siasat tersebut berjalan kemudian Soekarno pada 27 Juli 1963 menyerukan Ganyang Malaysia. Yg dimana itulah awal pemikiran antara Indonesia dan Malaysia untuk mencari jalan keluar yg baik terhadap permasalahan yg sering muncul.
Pada Oktober 1965 Soeharto mengantikan Soekarno untuk memimpin Indonesia.Kemudian beliau secara kekeluargaan membicarakan jalan keluar yg baik untuk mengatasi konflik dengan Malaysia.Jalan menuju perdamaian tersebut memang tidak mudah karna mayoritas penduduk Indonesia saat itu terlanjur benci dengan Malaysia.
Dan akhirnya pada 28 Mei 1965 RI dan Malaysia sepakat mengakhiri konflik dalam sebuah konferensi di Bangkok-thailand yg dimna kedua belah pihak telah mengutarakan keinginan perdamaian yg tidak akan lagi terjerumus kedalam lembah konflik.
