Ajaran Syeikh Jenar dituduh menyeleweng oleh Wali Songo. Tasawuf yang diikuli oleh beliau ialah tasawuf wujuddiyah yang disebut juga emanasi, artinya segala sesuatu yang berwujud seperti percikan atau pancaran cahaya Ilahi. Ajaran Syekh Ssiti Jenar relatif sama dengan ajaran Abu Abdullah yang menyebut kalimat ana al-haqq yang arinya aku adalah Tuhan. Ajaran inilah yang menjadi mulainya konflik antara Walisongo termasuk Sunan Kalijaga dan Syekh Siti Jenar. Raden Fatah mengatakan bahwa Syekh Siti Jenar telah membangkang peraturan yang ditentukan olehnya yaitu tidak diperbolehkan menyebar dakwah islam mengenai alam kehidupan manusia di dunia ini sebagai kematian serta keadaan manusia di dunia ini sebagai mayat berjalan atau bangkai dan Syekh Siti Jenar menghalangi penyiaran dakwah Islamnya Wali Songo.
Setelah itu, Syeikh Siti Jenar menjelaskan kepada Raden Fatah sangkaning dumadi (asal susl kehidupan). Ajaran mengenai hidup kekal dan abadi, mengenai kematian yang dialami manusia, jalan kematian yang bisa dikehendaki sendiri yang kehedaknya setelah itu menyatu dengan kehendak Hyang Manon, mengenani penutupan berbagai jalan kehidupan untuk menyatu dengan al-Haqq (kebenaran), dan beliau juga menjelaskan adanya Yang Maha Luhud, Allah yang menjadikan langit dan bumi serta segala isinya sebagai muara manusia sempurna.
Raden Fatah yang mendengarkan penjelasan dari Syekh Siti Jenar hanya menganggap omong kosong saja lalu Wali Songo memberitahu bahwa Syekh Siti Jenar harus tunduk kepada Raden Fatah. Syekh Siti Jenar dan Kebo Kenanga menolak hal itu dengan memilih hidup di luar istana dan tidak bersedia tunduk pada Raden Fatah. Dikarenakan mereka tidak mau tunduk maka hukuman mati yang akan dilakukan. Bagi mereka hukuman mati bukan persoalan yang merisaukan karena hidup di dunia hanyalah bayangan palsu dari hidup sesungguhnya yang baru dijalani manusia setelah ajal tiba. Alam abadi itulah ajaran Islam yang mengajarkan rukun Islam berlaku dan bukan di alam kematian di dunia yang hanya berisi kepalsuan semata. Kematiann Syekh Siti Jenar pada zaman pemerintahan Raden Fatah (1517) dengan di vonis hukuman mati oleh Dewan Wali Songo yang dipimpin oleh Sunan Giri pada zaman Sultan Tenggono (1530M). Ajaran-ajaran Syekh Siti Jenar dinyatakan dilarang berada di seluruh wilayah Demak.
Karya Siti Jenar ialah Serat Natarata, bentuk tembang yang menjelaskan tentang Ngelmu Kasunyatan yang membahas tentang hakikat Tuhan dan manusia serta hubungan dalam serat ini. Serat ini banyak diminati pembaca dan menimbulkan banyak kontrovensi tentang ajaran yang disampaikan. Serat Nataran ini mengulas tentang keberadaan Tuhan beserta alam semesta yang ciptaannya diangap nyeleneh pada zamannya.
