Struktur organisasi KEMAFAR-UN terdiri atas Kongres, Kongres Luar Biasa, dan Komisi Pemilihan Umum (KPU) sebagai struktur tertinggi. Kongres dan Kongres Luar Biasa adalah kekuasaan tertinggi yang di dalamnya menentukan aturan-aturan organisasi, Anggaran Dasar (AD), Anggaran Rumah Tangga (ART), Program Kerja Organisasi (PKO), Garis Besar Haluan Organisasi (GBHO), pembentukan KPU, pemilihan presiden BEM, dan pemilihan ketua MAPERWA. Kemudian, di bawahnya terdapat BEM, MAPERWA, dan Anggota (Biasa dan Luar Biasa).Â
BEM bertindak sebagai eksekutif atau pelaksana organisasi sedangkan MAPERWA bertindak sebagai legislatif sekaligus yudikatif. Anggota biasa merupakan anggota yang sedang menempuh pendidikan jenjang S1 sedangkan anggota luar biasa merupakan alumni Fakultas Farmasi yang tercatat sebagai anggota. Di bawah BEM terdapat UKM. UKM tersebut adalah PRC, Pharco, PSC, Critis, dan Lege Artis. Dalam pelaksanaannya UKM ini merupakan wadah yang berfungsi dalam penyaluran dan pengebangan bakat dan minta anggota KEMAFAR-UH.
Ditulis berdasarkan materi Tanggung Jawab Kaum Intelektual oleh Boby Sugara (Presiden BEM KEMAFAR-UH periode 2016/2017) dan Wajah Organisasi Farmasi(KEMAFAR-UH) oleh Budiman Yasir (Presiden BEM KEMAFAR-UH periode 2015/2016)
