Akan tetapi, PTS yang jauh dari pusat kekuasaan Orde Baru yang didirikan oleh para tokoh masyarakat dan tokoh pendidikan mengalami keterpurukan alias tidak mampu bersaing dan bahkan dianggap bermasalah.
243 PTS Dinonaktifkan dan Dampaknya
Pada tahun 2015, awal pemerintahan Jokowi-JK, 243 PTS yang dianggap bermasalah dinonaktifkan oleh Kementerian Ristek Dikti RI.
Alasan 243 PTS dinonaktifkan adalah karena melanggar berbagai peraturan termasuk berkonflik, pada hal Universitas Trisakti yang berkonflik sampai saat ini tidak dinonaktifkan. Penonaktifan menurut KemristekDikti adalah dalam rangka pembinaan . Akan tetapi dalam realitas adalah sebaliknya yaitu penghancuran.Â
Sebabnya, penonaktifan 243 PTS tersebut diberitakan secara luas oleh media cetak, media Online dan media elektronik, sehingga semua PTS itu kehilangan kepercayaan (trust) dari masyarakat.  Pada hal kekuatan PTS itu dari masyarakat sehingga bisa bertahan lama, walaupun tidak semaju PTN dan PTS yang didirikan para konglomerat.  PTS itu sebelum dinonaktifkan  mendapat dukungan dari masyarakat kelas menengah ke bawah, sehingga setiap tahun anak-anak atau cucu-cucu mereka disuruh masuk ke berbagai  PTS yang mayoritas di nonaktifkan itu.
Dampak dari penonaktifan 243 PTS tersebut. Pertama, ada yang bubar karena tidak bisa melanjutkan proses belajar – mengajar apalagi penelitian dan pengabdian masyarakat.Â
Kedua, mengalami kemerosotan drastis setelah dinonaktifkan karena setengah dari jumlah mahasiswa mereka mengundurkan diri, karena pemberitaan media sebagai PTS abal-abal.
Ketiga, sulit mendapatkan mahasiswa baru karena 243 PTS yang pernah dinonaktifkan dikloning dan disebar-luaskan kembali di media online seolah-olah belum diaktifkan. Â Apalagi ramai diberitakan di media online bahwa 243 PTS yang dinonaktifkan, alumninya tidak bisa diterima menjadi PNS/ASN.
Wujudkan Affirmation Â
Beberapa waktu lalu, Menristek Dikti M. Nasir dalam pengarahannya dihadapan Perguruan Tinggi Pembinaan, telah mengemukakan program affirmation (pemberdayaan, pemihakan) terhadap PTS yang pernah dinonaktifkan.
Pertanyaannya, apakah program affirmation itu sudah mulai dilaksanakan? Â Sebagai pimpinan di Universitas Ibnu Chaldun (UIC), saya belum merasakan adanya pelaksanaan program affirmation seperti yang pernah dikemukakan Menristek Dikti dihadapan para pimpinan Universitas dan pimpinan Yayasan yang menaungi 243 PTS yang dinonaktifkan dan disebut Perguruan Tinggi Pembinaan.Â