Perlu menjadi perhatian baik dari sisi pemeriksa perpajakan, maupun pembuat kebijakan perpajakan terkait terus bertambahnya kasus sengketa perpajakan yang telah terjadi tersebut. Apakah kesalahannya murni terjadi di sisi Wajib Pajak karena tidak patuh, atau disisi peraturan perpajakan yang perlu dievaluasi kembali. Dengan adanya analisis timbulnya sengketa perpajakan tersebut, mungkin saja dapat membantu peradilan pajak untuk dapat memberikan perhatian dan tindak lanjut atas sengketa pajak yang mungkin lebih material mengingat petugas atau pelaksana pengadilan pajak juga masih memiliki keterbatasan.
Pengadilan pajak mempunyai tugas dan wewenang memeriksa dan memutuskan sengketa pajak sampai kasus pajak tersebut memiliki kejelasan faktual dan hukum. Otoritas perpajakan dikabarkan pada artikel Kompas.com tanggal 19 Nov 2019 dalam beberapa kasus kalah dari Wajib Pajak di tingkat pengadilan pajak serta Mahkamah Agung (MA). Kekalahan tersebut berakibat pada restitusi pajak atau pengembalian pajak tersebut sebesar Rp22 triliun.
Sementara itu pada Undang-undang tahun 2007 Pasal 1 angka 25 tentang Ketentuan Umum dan Tata Cara Perpajakan juga disebutkan bahwa definisi dari Pemeriksaan adalah serangkaian kegiatan Menghimpun dan Mengolah Data, Keterangan dan/atau Bukti yang dilaksanakan secara objektif dan profesional berdasarkan suatu standar pemeriksaan untuk menguji kepatuhan pemenuhan kewajiban perpajakan dan/atau tujuan lain dalam rangka melaksanakan Ketentuan Peraturan Perundang-undangan Perpajakan.
Kritik antara self assessment dengan pemegang otoritas perpajakan, mengantarkan juga kepada kritik antara etika publik "Res Publica" dengan timbal balik "Res Privata" atau dapat disebutkan antara pemerintah dengan rakyatnya. Paradoks pajak dan pemikiran kritis, pada dasarnya pengenaan pajak dari orang kaya disetorkan kepada pemerintah untuk menciptakan keadilan bagi rakyat. Â Kritik adanya beberapa kasus peradilan pajak dimana menunjukkan trend yang meningkat pada setiap tahunnya, maka mengharapkan adanya keadilan pajak yang tidak berpihak dan merugikan wajib pajak. Maka perlunya evaluasi kembali terdapat pengawasan perpajakan yang telah dilakukan, apakah murni kesalahan di sisi wajib pajak atau adanya faktor penyebab lain yang menimbulkan peningkatan sengketa pajak. Direktorat Jenderal Pajak perlu menciptakan program kerja lainnya, Â supaya dapat meningkatkan kesadaran serta ketaatan wajib pajak dalam melaporkan kegiatan perpajakan sehingga dapat meningkatan penerimaan negara untuk keperluan pembangunan dan pemerataan kesejahteraan rakyat.
