Hingga saat ini belum terungkap dari mana asal-usul orang Papua. Hanya karena kulit hitam dan rambut kriting sehingga menyebut berasal dari orang Negro-Afrika. Apabila dilihat dari bahasa yang dipakai banyak serapan bahasa Melanesia sehingga banyak mengaku nenek moyang mereka adalah orang Melanesia. Mana yang benar?
Untuk menjawabnya menggunakan tiga pendekatan: geologis, antropologis, dan realistis. Secara geologis bumi ini awalnya dalam bentuk utuh-satu, dibuktikan adanya masa lempeng tektonik dan zaman es. Nusantara termasuk pulau Papua belum berpenghuni.
Saat itu manusia bertebaran hanya dengan berjalan kaki atau menggunakan kendaraan darat. Bentuk fisik orang Papua mirip dengan sosok manusia dari Afrika dan bahasa Melanesia. Kini kita bisa melihat orang Papua yang memiliki peradaban lebih maju yaitu suku yang tinggal di lembah-lembah hingga pegunungan tinggi yaitu pertanian seperti orang Dani. Bahkan masih hidup orang-orang pigmi -- manusia kate yang memiliki tinggi badan kurang dari 1,5 meter yang diduga orang Papua asli. Â Â
Homo erectus Berjalan Kaki hingga Papua
Menurut teori geologi Lempeng Tektonik bahwa 200 juta tahun lalu bumi ini  kompak menyatu dalam bentuk lempengan yang disebut Pangea. Belum seperti sekarang yang dipisahkan oleh samudera dan selat-selat. Hal ini dibuktikan oleh para ahli bahwa adanya kesamaan tanah, bebatuan dan fosil di Amerika Selatan dengan di Afrika Barat. Demikian juga Tanah Papua (Papua dan PNG) masuk dalam lempeng Indo-Australia -- menyatu dengan Australia.
Bukti lain bahwa bersatunya daratan Nusantara dengan ditemukan  Garis Wallace yang memisahkan habitat hewan Asia dan Australia. Bagian barat Nusantara (Sumatera, Kalimantan, dan Jawa) memiliki hewan yang sama dengan spesies Asia atau disebut Paparan Sunda, sedangkan spesies hewan yang ada di Sulawesi, Nusa Tenggara, Maluku, dan Papua mirip dengan hewan yang ada di Australia atau di sebut Paparan Sahul. Â
Satu daratan inilah memudahkan manusia pertama Homo erectus melakukan perjalanan. Terjadi pada 180 juta yang lalu, dari Afrika berimigrasi secara besar-besaran ke berbagai penjuruh bumi antara lain ke Eropa, Asia Tengah, India, bahkan menyusuri wilayah selatan ke Asia Tenggara hingga ada yang memilih bermukim di Paparan Sunda (Sunda Shelf) atau bagian barat Nusantara yaitu Sumatera, Kalimantan, dan pulau Jawa.Â
Sedangkan yang lainnya terus menyuri bagian selatan hingga tiba di Paparan Sahul (Sahul Shelf) yakni pulau Sulawesi, Flores, Maluku, dan berakhir di Indo-Australia yaitu Australia dan Papua sekarang.Â
Di pemukiman baru mereka berusaha beradaptasi untuk bisa bertahan hidup selama 1,5 juta tahun dengan berburu, membuat api, berlindung di gua, berkelompok, dan bahkan berperang. Namun kebanyakan yang punah terutama yang tinggal Paparan Sunda. Sedangkan yang masih bertahan hidup adalah yang hidup di pulau Flores (Homo floresiensis), dataran tinggi Papua, dan sebagian di Australia (orang Aborigin).
Kelompok manusia berkulit hitam dan berambut keriting tersebut memilih tinggal di wilayah pegunungan Maoke yang saat ini terdiri dari Barisan Sudirman dan Pegunungan Jayawijaya.Â
Pegunungan ini membelah Papua dari barat ke timur menjadi dua pada bagian tengah. Diduga  masih hidup orang-orang pigmi -- manusia kate memiliki tinggi badan kurang dari 1,5 meter yang diduga orang Papua asli. Suku pigmi tersebut beradaptasi dan berkembang biak menjadi suku-suku Dani, Yali, Ngalum, Amungme, Nduga, Damal, Moni, Ekari/Mee, Sentani, Nimboran, Ayamaru, dan Muyu.