Sebagai shinobi informan yang pandai berinfiltrasi, spionase dengan keahlian hebat yang sukar ditandingi kepalsuannya, akan identitas saat melakukan penyamaran. Juga sangat hebat dalam jutsu medis.
Karakter Kabuto yang jahat, tidak terlepas dari masa kecilnya yang kelam, anak korban perang. Yang menghancurkan desa serta terbunuh kedua orangtuanya.
Dibesarkan dipanti asuhan, hidup dalam pengungsian, anak yang menyandang status hidup sebatangkara, menderita luka dan lupa ingatan kala ditemukan para ninja medis.
lalu menjadi anak pungut akibat perang. Sangat disayangi oleh Nono Yakushi pengasuh panti, yang bagi Kabuto sendiri Nono Yakushi sebagai penganti ibunya.
Dalam asuhan Nono, Kabuto menjadi anak yang baik serta memiliki keahlian dalam ilmu medis yang mumpuni, membantunya dalam merawat orang-orang terluka akibat perang. Kabuto sangat bertalenta bagi Nono.
Bahkan nama Kabuto merupakan pemberian nama dari Nono Yakushi. Kala Kabuto lupa siapa dirinya, bahkan lupa siapa namanya sendiri. Nama Yakushi disemat punkepada nama Kabuto sebagai indentitas anak kandung dari Nono Yakushi.
Perubahan Kabuto diawali, tika ia membantu pasukan Anbu root dimedan perang. Membuat Anbu root pimpinan Danzo tertarik untuk untuk merekrut Kabuto untuk bergabung dalam kelompoknya karena kemampuan medis dari Kabuto yang terbilang cukup baik
Serta ntuk menjalankan misi rahasia Anbu. Yang selama selalu bergerak dibalik layar atas nama menjaga stabilitas Desa Konaha. Meskipun dengan cara yang licik dan kotor.
Danzo memaksa Nono Yakushi untuk mengikhlas Kabuto tuk masuk pada kelompok Danzo, sebelumnya diketahui bahwa Nono juga merupakan mantan bawahan dari Danzo jua.Â
Dengan pilihan yang cukup berat antara kehilangan Kabuto atau keberadaan panti. Jika tidak mengizinkan Kabuto bergabung, maka donasi yang diberikan ke panti akan diputuskan, panti akan dihancurkan, serta anak-anak korban perang jadi percobaan manusia oleh Orochimaru.
Hal ini tidak disengaja didengar oleh Kabuto, akhirnya ia rela bergabung mengkuti Danzo meninggalkan panti yang masa kecilnya. Tempat yang pernah membesarkan dan memberikan kasih sayang.
