Sedikit nya tenaga kerja dan kualitas yang baik pada tenaga pengajar mejadi isu yang penting. Dan tak sedikit juga pesantren kekurangan guru untuk mengajarkan para santri pada ilmu pengetahuan umum dan teknologi yang memadai.
4.Kurangnya pendanaan
Tak sedikit lembaga ini terlalu bergantung pada donasi. Hal ini menyebabkan stabilitas dan kualitas pendidikan yang kurang baik
B.Solusi mengatasi isu di pesantren
1.Peningkatan infrastruktur
Kerja sama antara pemerintah dan pihak swasta perlu berkolaborasi untuk meningkatkan infrastruktur. Tak hanya itu investasi juga sebuah jalan untuk perbaikan infrastruktur yang lebih baik. Hal ini agar para santri memiliki asrama yang lebih layak, perpustakaan yang lebih baik dan memenuhi standar pada laboratorium.
2.Pembaruan kurikulum
Pesantren perlu melakukan pembaruan kurikulum yang seimbang antara ilmu agama dan umum. Peningkatan ilmu pengetahuan dan teknologi dapat mempermudah para santri kelak pada dunia kerja dan tidak takut bersaing dengan anak anak yang menempuh di sekolah negri/swasta.
3.Peningkatan kualitas pengajar
Pemberian program dan sertifikasi pengajar perlu ditingkatkan. Dan peningkatan kesejahteraan pengajar juga penting agar menarik dan menjaga tenaga pengajar.
4.Menambah sumber pendapatan
