Masyarakat Papua mempunyai pengetahuan dunia agama sekuler dan sakral. Dua pandangan dunia antara material dan spiritual. Pola kepercayaan tradisional agama masyarakat Papua sebelum tersentuh agama samawi terbagai menjadi dua, yakni: Empiris, yang mana menyangkut lingkungan alam sumber-sumber manusia, binatang, ekonomi lebih mudahnya segala sesautu yang dapat disentuh dan dilihat. Non Empiris, adalah roh-roh, kekuatan ilmu ghaib tak berprikebadian, dan kadang-kadang totem-totem.
      Seperti halnya di Wamena, misalnya tempat-tempat arwah disebut wakunmo dan didalamnya dibangun rumah kecil untuk meletakan simbol-simbol biorefani para arwah yang baru meninggal diletakan digua-gua tertentu. Para arwah yang baru meninggal dipercaya sebagai roh-roh yang berbahaya yang bisa menyebabkan kesakitan dan kemalangan tertentu.
      Karena itu mereka sangat ditakuti dan supaya jangan menyulitkan masyarakat, orang yang mendekati mereka secara ritual untuk membujuk dan berdamai dengan mereka. Sehingga perlunya mengetahui Islamisasi di tanah Papua memiliki banyak penafsiran yang berbeda dari setiap sejarawan. Kedatangan Islam di tanah Papua juga masih terjadi silang pendapat antara pemerhati, peneliti, maupun keturunan raja-raja di raja empat, sorong, fak-fak, kaimana dan teluk bintuni-Manokwari. Beberapa diantara mereka saling mengklaim Islam datang lebih awal ke daerahnya hanya berdasarkan tradisi lisan tanpa didukung bukti-bukti tertulis maupun bukti arkeologis. Diantaranya;
Versi Papua, teori ini dari pandangan adat dan legenda yang melekat di sebagian rakyat asli Papua. Bahwa Islam bukanlah berasal dari luar Papua dan bukan disebarkan oleh kerajaan Tidore atau da'i-da'i dari Arab, sumatra, Jawa. Namun Islam berasal dari Papua sendiri sejak Papua diciptakan oleh Allah SWT. Mereka juga mengatakan bahwa agama Islam telah terdapat di Papua bersamaan dengan diciptakanya pulau Papua. Begitupun Kristenpun juga terdapat dipapua sebelum agama kristen disebarkan di Papua. Mereka juga menyakini kisah tempat turunya nabi adam dan ibu hawa berada di suatu tempat di daratan Papua dengan berbusana seperti mereka berdiam di surga.
Versi Arab, dalam catatan sejarah kerajaan Nusa Iha (sekarang Sirisori) di Ambon. Bahwa sekitar tahun 1212-1215 M terdapat tiga mujahidin yang datang dari Irak. Masing-masing syekh abdul rohman assegaf maulana saniki yarimullah dan dua bersaudara memasuki asia tenggara tahun 1215 M. Mereka di kerajaan Nusa Iha dan mendirikan sebuah kerajaan Islam Ama Iha I, berkedudukan di Laoutt Amaluttu sekarang bernama sirisori Islam di Ambon.
      Tahun 1230 M Syekh Abdul Rahman Assegaf Maulana Saniki Yarimullah dengan istrinya Nyai Mara utah telah memasuki jazira Onin, rumbati, fak-fak. Dan mendirikan kerajaan Islam bernama Woni Epapua. Dari pernikahanya telah dianugrahi 10 orang anak. Maulana saniki yarimullah diberi gelar dengan nama koning papua (putera kayangan). Akibat perselisihan keluarga mereka sebagian kembali ke Nusa Iha. Sedangkan 5 lainya menetap di Papua kemudian sebagai keturunan raja empat (kerajaan misool), raja patiran, poy waru, yang bermarga patagras, serta poy sina (bermarga patimurra).
      Menurut sejarah lisan fak-fak bahwa agama Islam mulai diperkenalkan di Onin oleh seorang sufi bernama syarif mu'iz al-qathan dengan gelar syekh jubah biru dari negeri arab hadramaut Yaman ketika abad 16, sesuai dengan bukti masjid Tunasgain yang berumur sekitar 400 tahun dibangun tahun 1587.
Versi Jawa, tahun 1518 M, Sultan Adipati Muhammad Yunus dengan gelar pangeran sebrang elor anak dari raden patah dari kerajaan Demak mengadakan kerjasama dengan kesultana kerajaan Ternate & Tidore untuk mengirim da'i dan mubaligh ke Papua dalam rangka menyiarkan Islam.
      Informasi lain dari yayasan Sunan Derajat dan Sunan Giri bahwa perdana Jamilu dari hitu dan sultan zainal abidin (1480-1500). Dari Ternate belajar langsung kepada sunan Giri yang dikenal dengan prabu Satmata. Setelah mempelajari dan memperdalam Islam kurang lebih satu tahun, maka sultan kembali ke Ternate dengan membawa mubaligh bernama Tuhubahahul dari Giri untuk mengajarkan dan menyiarkan Islam diMaluku.
      Sedangkan perdana Jamilu dari Hitu dipercayakan menyiarkan Islam ke Papua. Perjalanan syiar Islam Jamilu dimulai dari seram menuju fak-fak mulai tahun 1488 M. Sejak syiar Islam itu tanah Papua mendapat sentuhan dan mengenal Islam melalui mubaligh utusan sunan giri.
Tradisi atau keyakinan merupaka kebiasaan yang dilakuka masyarakat tanah Papua. Baik pribumi maupun penduduk luar juga terikat dalam norma-norma adat istiadat dalam Papua. Pewarisan oleh nenek moyang yang diturunkan dari generasi ke generasi akan dipertahankan. Ritual-ritual empiris dan non empiris baik niali segi matrealis dan spiritual mengandung nilai-nilai magis dalama kepercayaan masyarakat Papua.
