Perlu diingat, ideologi kedua negara sangat berbeda walaupun dalam satu payung nama Islam. Hampir seluruh populasi muslim di Sudan adalah Sunni, sedangkan Iran adalah Syiah. Namun terlepas dari perbedaan sekte agama, Sudan dan Iran mempunyai keinginan yang sama, menentang hegemoni Amerika Serikat di kawasan Timur Tengah.
Konflik Antara Keduanya
Pada tahun 2014 hubungan kedunya mulai memburuk. September 2014, para pejabat Khartoum memerintahkan semua lembaga budaya Iran untuk ditutup, serta meminta para diplomatnya untuk meninggalkan Sudan dalam waktu 72 jam. Pemerintah Sudan menuduh pejabat Iran menyebarkan Ideologi Syiahnya, meskipun motif sebenarnya adalah untuk menyampaikan pesan ke Arab Saudi.
Ketika ekonomi Sudan mulai jatuh karena dampak kemerdekaan Sudan Selatan dan sanksi embargo yang diberikan Amerika Serikat, Khartoum mencoba memberikan sinyal kepada GCC (Gulf Cooperation Council)Â bahwa mereka bersedia meninggalkan Teheran dengan imbalan bantuan keuangan.
"Kami di Sudan tidak mengenal Syiah, dan semua rakyat Sudan adalah penganut Ahlus Sunnah, kami telah merasa cukup dengan apa yang kami punyai, dan kami menolak memasukkan paham-paham baru di Sudan ." Omar Hassan Basyir.
Ketika Arab Saudi meluncurkan serangan militernya di Yaman pada 2015, Sudan turut menjadi anggota koalisi dengan menyumbangkan ribuan tentaranya memerangi pemberontakan Houthi yang didukung Iran.
Krisis di Yaman dengan cepat menjadi sumber ketegangan yang jelas antara Khartoum dan teheran. Iran mengutuk Sudan karena ikut bergabung dalam koalisi bentukan Arab Saudi. Tahun 2015, Sudan juga turut serta menjadi anggota Aliansi Militer Islam untuk memerangi terorisme, yang sejatinya aliansi militer anti-Iran yang dipimpin oleh Arab Saudi.
Januari 2016, Sudan bergabung dengan Arab Saudi, Bahrain, dan Djibouti dalam memutuskan hubungan diplomatik dengan Iran sebagai tanggapan atas krisis dalam hubungan Iran-Arab Saudi setelah eksekusi Syeikh Nimr Al-Nimr.
Alasan Sudan untuk Memutuskan Hubungan
Rezim Basyir memutuskan untuk mengakhiri hubungan kemitraan dengan Iran karena masalah ekonomi Sudan yang memburuk. Ketika Sudan Selatan merdeka di tahun 2011, Sudan kehilangan hampir dua pertiga sumber minyaknya dan sepertiga dari luas tanahnya.