Sebenarnya dari sinilah kita bisa mengatakan bahwa Belanda mulai melakukan perlawanan sekaligus upaya penguasaan wilayah bumi Nusantara bukan 350 tahun seperti yang kita kenal dalam buku-buku sejarah di sekolah.
Meskipun hanya sebatas perusahaan kongsi dagang VOC, memiliki berbagai keistimewaan yang diberikan Kerajaan Belanda yaitu memiliki pasukan sendiri, memiliki mata uang sendiri dan diperbolehkan melakukan perang dan membuat perjanjian dengan pihak lain istilah ini sering disebut sebagai (octrooi).
VOC bertahan sampai tahun 1799 diakibatkan sejumlah faktor yaitu adanya korupsi yang dilakukan para petinggi di perusahaan dagang tersebut, selain itu adanya peperangan melawan Inggris dan sejumlah Kerajaan di Nusantara berakibat merosotnya keuangannya, tidak diresponnya keluhan pegawai dan faktor lain sebagainya yang membuat dengan terpaksa VOC dinyatakan di tutup pada tanggal 31 Desember 1799.
Selama VOC berdiri sejumlah barang dan kebutuhan pangan seperti teh, keramik, tebu, padi,logam dan lain sebagainya menjadi komoditas utama yang diperjualbelikan oleh perusahaan dagang Hindia Timur tersebut.
 Dari sini juga istilah kompeni yang berasal dari nama akhirnya VOC yakni Compagnie mulia dipakai oleh orang Kepulauan Nusantara maksudnya wilayah Indonesia, dan Malaysia sekarang.
 Dalam pembubaran VOC ini, sebenarnya peran Heeren XVII Atau Dewan Tujuh Belas juga dianggap tidak becus mengurusi perusahaan ini jika para Heeren atau direktur yang terdiri dari 17 orang perwakilan 17 provinsi di Belanda sana mau mendengarkan keluhan para karyawan niscaya VOC akan bertahan sampai akhir Belanda di Indonesia yaitu tahun 1949.
Namun, bubarnya VOC ini tidak membuat gentar para penjajah kolonial barat ini untuk hengkang dari Hindia-Belanda. Akibat bubarnya VOC dan jatuhnya Kerajaan Belanda pada tahun 1800-1811 ke tangan Perancis yang saat itu dipimpin oleh Napoleon Bonaparte maka jabatan Gubernur secara tidak langsung diatur oleh Kerajaan Perancis.
Dari sini bisa dilihat bahwa kekuasaan seorang Gubernur Jenderal sudah ada sebenarnya sejak tahun 1610 di masa kepemimpinan Gubernur Jenderal Pieter Both meskipun demikian, kemungkinan besar Pieter bukan disebut sebagai Gubernur Jenderal melainkan sebagai Duta VOC, sebab penyebutan jabatan tersebut sendiri diperkirakan baru ada pada tahun 1691 artinya Gubernur Jenderal Johannes Camphuys atau Gubernur Jenderal Willem Van Oouthoorn.
Selepas bubarnya VOC di tahun 1799 Hindia-Belanda dipimpin sepenuhnya oleh Gubernur Jenderal diawali oleh Gubernur Jenderal Pieter Gerardus van Overstraten tahun 1796 namun ia dilantik ulang oleh Belanda karena saat itu Belanda dikuasai oleh Perancis.
Pada masa penguasaan Perancis atas Belanda di Hindia-Belanda inilah proses penjajahan yang sering disebut sebagai pembangun Jalan Raya Pos dari tahun 1808-1811 dibawah Gubernur Jenderal Herman Willem Daendels dilakukan.
Sampai akhirnya kekuasaan penguasaan Perancis atas Belanda berakhir setelah kalahnya Belanda dalam Kapitalisasi Tuntang yang dimana dalam Tuntang Gubernur Jenderal Jan Willem Janssen pada 1811 secara resmi menyerahkan kekuasaan Hindia-Belanda dari Belanda ke Kerajaan Inggris yang kemudian Gubernur Jenderal Lord Minto secara resmi menggantikan Janssen sebagai gubernur jenderal yang baru.
