Struktur organisasisasi BPGKT Â sebaiknya simpel saja. Pimpinan tertinggi cukup seorang General Manager (GM). Di bawahnya ada Sekretaris Eksekutif dan empat Manager (Riset & Pengembangan; Konservasi Lingkungan; Pemberdayaan Masyarakat; Komunikasi dan Kerjasama). Lalu di lapangan ada 16 asisten manager untuk 16 geosite.
Pembentukan KGKT dengan sendirinya juga berimplikasi kontribusi dana dari setiap anggotanya untuk pembiayaan operasional BPGKT. Dengan demikian BPGKT mendapat jaminan anggaran untuk biaya rutin (head cost) dan biaya program (variable cost) untuk setiap tahun anggaran.
Untuk efisiensi dan efektivitas kerja, kantor BPGKT sebaiknya berada di tengah kawasan Kaldera Toba. Mungkin bisa di Parapat atau di Balige, untuk memudahkan komunikasi dan koordinasi dengan BPODT (di Ajibata).
Pimpinan Kelas Dunia
Geopark Kaldera Toba itu anggota jaringan Geopark Global UNESCO. Karena itu GKT sejatinya geopark kelas dunia. Dengan demikian BPGKT seyogyanya adalah organisasi kelas dunia.
Karena merupakan organisasi kelas dunia, maka BPGKT juga semestinya dikepalai seorang pemimpin kelas dunia. Dengan pemimpin kelas dunia dimaksudkan adalah pemimpin yang memiliki visi transformsi "baik ke hebat" (J.C. Collins, 2001).Â
Artinya, bagi seorang pemimpin kelas dunia, tak cukup menjadikan GKT "baik" (good) tapi harus "hebat" (great), tak ada duanya di dunia.Â
Untuk mendapatkan pemimpin kelas dunia, maka seleksi pimpinan tertinggi BPGKT, katakanlah General Manager, oleh KGKT tak cukup hanya mempertimbangkan kriteria-kriteria kompetensi formal semisal riwayat pendidikan, bidang-bidang keahlian, dan daftar panjang pekerjaan terdahulu.
Lebih penting dari kompetensi formal adalah kapasitas kepemimpinan. Seorang pimpinan BPGKT semestinya memenuhi kriteria-kriteria dua jenis kapasitas  berikut.
Pertama, kapasitas pengendalian (steering capacity) yaitu kemampuan pengambilan keputusan terkait sasaran besar, strategi, kebijakan, dan program aksi pengelolaan dan pengembangan Kaldera Toba.Â
Kapasitas ini bisa dinilai dari logika dan etika rencana pengelolaan dan pengembangan Kaldera Toba yang dipersiapkan seorang calon pimpinan. Apakah rencana itu masuk akal, realistis, dan dapat dilaksanakan sesuai prinsip-prinsip geopark global? Dan apakah akseptabel secara geologis, ekologis, ekonomi, dan sosial-budaya lingkup Kaldera Toba?
Kedua, kapasitas pelaksanaan (delivery capacity) yaitu kemampuan implementasi program kerja dan pemecahan masalah-masalah (problem solving) dalam proses-proses kegiatan di lapangan.Â