Selanjutnya terdapat salah satu kelompok Islam ekstrem di Malaysia, yaitu Jemaah Islamiyah, organisasi yang didirikan oleh Abdullah Sungkar yang tujuannya untuk merencanakan pembangunan kawasan Islam Super Daulah Islamiyah Raya yang meliputi Malaysia, Singapura, Indonesia dan sebagian Thailand dan Filipina. Walaupun terdapat perbedaan pandangan dan visi dengan Osama, pada tahun 1997 ketika Osama berfatwa dari Jalalabad yang mana fatwa tersebut menyatakan perang terhadap AS dan Israel. Akhirnya, Abdullah Sungkar mengadakan pertemuan dengan Osmaa untuk membahas kerjasama di Afghanistan.
Pengaruh Al-Qaeda Hingga ke Indonesia
Gerakan yang berawal hanya di Afghanistan dan kawasan Timur Tengah, namun dengan berbagai cara Osama bisa melebarkan sayapnya hingga kawasan Asia Tenggara, bahkan Jamaah Islamiyah yang tujuannya berbeda, akhirnya mengadopsi pandangan jihad dari Al-Qaeda.
Mereka berbagi visi tentang pendirian kekhalifahan Islam di Asia Tenggara dan menolak pengaruh Barat dan sekulerisme. Al-Qaeda menjadi inspirasi utama bagi banyak pemimpin JI, termasuk Hambali, pemimpin militer Jamaah Sslamiyah dan juga dikenal sebagai tokoh kunci yang menghubungkan JI dengan Al-Qaeda.
Beberapa anggota JI menerima pelatihan militer dan ideologis di kamp-kamp Al-Qaeda di Afghanistan. Dukungan ini membantu memperkuat kemampuan operasional JI dalam melakukan serangan teroris di Indonesia dan kawasan Asia Tenggara.
Salah satu contoh paling terkenal dari pengaruh Al-Qaeda terhadap JI adalah serangan bom di Bali pada 12 Oktober 2002, yang menewaskan 202 orang, termasuk banyak wisatawan asing. Serangan ini didalangi oleh JI dan dianggap sebagai salah satu aksi teroris paling mematikan di Indonesia. Penyelidikan mengungkapkan bahwa Al-Qaeda memberikan dukungan finansial dan logistik untuk operasi ini.
Selain Bom Bali, JI juga bertanggung jawab atas sejumlah serangan lainnya di Indonesia, termasuk pengeboman Hotel JW Marriott pada 2003, Konsulat Australia pada 2004, dan Bom Bali kedua pada 2005. Semua serangan ini mencerminkan strategi jihad global yang dipromosikan oleh Al-Qaeda.
Kesalahpahaman Menafsirkan Jihad
Dalam memahami jihad tentunya tidak hanya sekadar paham dalam artian sekilas, jihad memiliki arti yang sangat luas, kesalahpahaman memaknai jihad akan menimbulkan suatu keinginan dalam melaksanakan semangat perang dalam artian jihad itu perang, padahal perang dalam islam istilah dalam bahasa arab yakni "qital" bukan "jihad". Di sini makna jihad sebetulnya ialah berjuang, berjuang tidak harus melakukan peperangan, kekerasan, berjuang tidak dibatasi hanya untuk perjuangan militer, namun makna jihad itu harus disesuaikan dengan situasi dan kondisi.Â
Seperti contoh makna berjuang itu bisa dengan tidak melakukan kekerasan ataupun melakukan kekerasan demi kepentingan bersama, seperti Indonesia merebut kemerdekaannya dari belanda, maka dari pemaknaan itu ada hal kekerasan tetapi demi kemshalahatan bersama, lalu perempuan berjuang untuk mendapatkan hak-haknya, hal itu dimaknai dengan tanpa kekerasan, jadi konteks dari jihad harus dipahami secara luas.