Di Masjid Agung Kudus terdapat TPQ bernama TPQ Masjid Agung Kudus dengan jam pembelajarannya pada setiap hari Sabtu-Kamis pukul 15.30-16.30 WIB.Â
Per bulan November 2022, jumlah murid TPQ Masjid Agung Kudus sebanyak 38 orang dan 6 tenaga kependidikan yang berlatar belakang sebagai ustadz dan ustadzah.
 Keberadaan TPQ Masjid Agung Kudus di sekitaran kompleks Masjid Agung Kudus menjadikan masjid tersebut tidak hanya sebagai tempat ibadah belaka, melainkan sebagai tempat pendidikan dan sosial juga.Â
Artinya, dengan perannya yang sentral tersebut, masjid harus dimanfaatkan sebagai momentum untuk meningkatkan pengetahuan dan adab umat Islam.Â
Hingga kemajuan pengetahuan dan peradaban umat Islam dapat berkembang seiring berjalannya kehidupan masyarakat.(Musyanto & Zakiyudin, 2021)
Di pelataran TPQ Â juga terdapat taman bermain anak-anak berupa jungkat-jungkit, perosotan, tangga melengkung, mobil putar, dan masih banyak lagi. Adanya wahana tersebut berfungsi untuk bermain oleh anak-anak murid TPQ, dimana orientasi anak-anak adalah bermain disamping belajar.Â
Wahana bermain tersebut membuktikan bahwa Masjid Agung Kudus sebagai rumah ibadah ramah anak. Demikian halnya pada ruangan di seberang TPQ Al-Furqon, yakni Perpustakaan Anak dengan koleksi buku anak-anak seputar keeislaman yang begitu lengkap. Menambah aspek ramah anak sebagai perwujudan generasi rabbani.(Wikantari & Harisah, 2019)
3. Terdapat Fasilitas Tempat Duduk Khusus untuk Lansia
Seperti masjid pada umumnya, terdapat fasilitas kursi "sofa tidak bersandar" di Masjid Agung Kudus. Kursi tersebut digunakan bagi jama'ah yang tidak bisa sujud karena faktor usia, biasanya para jama'ah lansia memanfaatkan fasilitas kursi tersebut.Â
Keberadaan fasilitas kursi tersebut menunjukkan bahwa Masjid Agung Kudus ramah bagi jama'ah lansia yang ingin menunaikan ibadah sholat.
4. Fasilitas Infaq Digital Menggunakan Metode Scan Barcode QRIS