Frans terlibat dalam pemberontakan di biak pada maret 1948, memprotes pemerintahan Belanda. Beberapa tahun setelah itu tepatnya tahun 1949, Belanda menunjuk Frans sebagai pemimpin delegasi Nugini Belanda-Indonesia, karena Frans merasa Belanda berusaha mendikte dia. Karena frans melawan, frans dipenjarakan dari tahun 1954 hingga 1961. Setelah dibebaskan dari penjara pada tahun 1961, Frans kembali mendirikan partai bernama Partai Irian yang berupaya menyatukan Nugini Belanda dengan republik Indonesia.
Pada tanggal 19 Desember 1961 Di Yogyakarta, presiden Soekarno berpidato yang mendirikan TRIKORA (Tiga komando rakyat) yang isinya, "membatalkan pembentukan Negara Papua yang diciptakan Belanda, mengibarkan bendera Indonesia di Irian barat, dan mempersiapkan mobilisasi untuk mempertahankan kemerdekaan dan penyatuan tanah air". Pada awalnya, gubernur pertama Irian yakni Elias Jan Bonai berpihak pada orang Indonesia, namun pada tahun 1964 ia menggunakan Penentuan Pendapat Rakyat (Pepera) di Irian jaya untuk menyerukan kemerdekaan Irian Barat sebagai negara yang terpisah, banyak orang yang menentang hal tersebut termasuk Frans, Frans dan masyarakat lainnya yang tidak setuju dengan hal itu mendesak Elias untuk mundur dari jabatannya, akhirnya Elias mengundurkan diri dari jabatannya dan digantikan oleh Frans sebagai gubernur.
Frans dan kawan-kawan mendiskusikan tentang upaya untuk mempromosikan Papua sebagai bagian dari Indonesia. Hal ini mendorong dukungan di dalam negara untuk opsi penentuan pendapat rakyat untuk penyatuan, sebagai lawan dari sebagian besar penduduk asli Papua. Sugoro yang merupakan sahabat Frans mendukung rencana Frans dan sedia membatunya, "selamat Frans, Sekarang kau telah terpilih sebagai gubernur Irian, aku mendukungmu Frans lakukanlah rencana mu demi negara kita" sambil berjabat tangan dengan Frans, " terimakasih Sugoro, aku juga ingin impian kita berdua tercapai" kata Frans kepada Sugoro.
Sedikit demi sedikit yang dilakukan Frans akhirnya berhasil, Irian berhasil menjadi bagian dari Indonesia, hal itu merupakan kerja keras Frans dan semua sahabat nya, Frans meninggal dunia pada 10 April 1979. Ia dimakamkan di taman makam pahlawan cendrawasih di biak, dengan iringan suara tangis dari keluarga, dan didampingi oleh sahabatnya Sugoro.
Dari Frans Kaisiepo, kita banyak belajar hal tentang perjuangan, Frans Kaisiepo tidak pantang menyerah, Frans dan kawan-kawan coba untuk menyatukan Papua dengan Indonesia, dari Frans Kaisiepo, kita harus memperjuangkan apa yang baik untuk semua orang.
