*Kerusuhan Tanjung Priok (1984)
Kasus pelanggaran ini terjadi pada 12 September 1984, mengakibatkan 24 orang tewas, 36 orang luka berat, dan 19 orang luka ringan. Dalam peristiwa ini terjadi kerusuhan antara aparat dan warga sekitar.
*Penculikan aktivis politik (1998)
Tahun 1998 terjadi penculikan dan hilangnya beberapa aktivitas. Menurut catatan dari Kontra ada 23 orang terdiri dari 1 orang meninggal, 9 orang dilepaskan, sedangkan 13 orang lain dinyatakan hilang.
*Peristiwa Trisakti dan Semanggi (1998 dan 1999)
Tragedi Trisakti terjadi pada 12 Mei 1998, menewaskan 4 mahasiswa Trisakti dan puluhan lainnya luka-luka. Tragedi Trisakti Semanggi I terjadi pada 11-13 November 1998 dan tragedi Semanggi II terjadi pada 24 September 1999.
*Kasus Terbunuh Marsinah (1994)
 Marsinah adalah aktivitas hak-hak pekerja di PT Catur Putera Surya, Porong Jawa Timur. Dia menjadi korban pelanggaran HAM yang kini para pelaku belum ditemukan.
*Kasus Munir (2004)
Munir Said Thalib adalah aktivis HAM pada zaman orde baru. Munir melakukan pembelaan pada orang-orang yang tertindas. Namun tahun 2004, Munir ditemukan meninggal dunia dalam pesawat menuju ke Amsterdam. Dari hasil autopsi forensik Belanda, menemukan racun arsenik dalam jasad Munir.
*Kasus Bom Bali (2002)
