Kerjasama Pemerintah dengan Badan Usaha di Indonesia dalam UU No. 23 Tahun 2007 mendorong investor Badan Usaha untuk berperan lebih luas dalam penyelenggaraan perkeretaapian. Mereka dapat memberikan dana atau mengelola secara komersial untuk meningkatkan skope dan kualitas layanan kereta api. Menurut Australia Indonesia Partnership (2010), ada tiga pengembangan yang harus dipertimbangkan, yaitu perbaikan jalan rel yang dikelola oleh PT Kereta Api (Persero), pembangunan jalur rel baru untuk pengembangan tambang baru di Pulau Sumatera dan Pulau Kalimantan, serta jalan rel sub-nasional yang sesuai dengan kebutuhan lokal dan kebijakan konstitusi.
Investasi Badan Usaha dalam PT Kereta Api (Persero) di jalur utama Jawa dan Sumatera diterima, tetapi pemerintah harus memiliki setidaknya 51% saham melalui investasi modal langsung. PT Kereta Api (Persero) hanya akan menjadi operator jalan rel setelah ada pemisahan infrastruktur. Kementerian Badan Usaha Milik Negara harus mempertimbangkan status PT Kereta Api (Persero) dan mentransfer kepemilikan utama kepada Badan Usaha.
Badan Usaha memiliki minat langsung dalam penyelenggaraan perkeretaapian untuk mendukung pertambangan, terutama dalam eksploitasi batu bara. Di masa depan, diharapkan investasi Badan Usaha dalam sektor jalan rel juga akan mencakup proyek pengembangan mineral lainnya, sektor kayu, perkebunan, dan pertanian. Proyek jalan rel sub-nasional menawarkan peluang pendanaan bagi Badan Usaha. Infrastruktur dapat didanai oleh pemerintah sementara operasi jalan rel dapat dikontrakkan atau dikonsesikan kepada Badan Usaha. Dukungan PSO (Public Service Obligation) dan biaya yang diperkirakan akan menciptakan iklim investasi yang baik untuk sarana kereta api dan aset lainnya oleh Badan Usaha.
