Pada tahun 1942 museum di tutup untuk umum karena Mcline Pont ditawan oleh Jepang. Sejak itu museum berpindah-pindah tangan dan akhirnya dikelolah oleh Balai Pelestarian Cagar Budaya Mojokerto wilayah kerja Provinsi Jawa Timur. ugas kantor tersebut tidak hanya melaksanakan perlindngan terhadap benda cagar budaya peninggalan Majapahit saja, tetapi seluruh peninggalan kuno yang tersebar di wilayah Jawa Timur. Oleh karena itu koleksinya semakin bertambah banyak. Untuk mengatasi hal tersebut museum dipindahkan ke tempat yang lebih luas berjarak +2km dari tempat semula, namun masih di Situs Trowulan. Museum baru tersebut sekarang bernama Museum Majapahit namun masyarakat umum tetap mengenalnya sebagai Museum Trowulan.
Bangunan Museum Majapahit, Trowulan, Mojokerto
Pada tahun 1999 koleksi prasasti peninggalan R.A.A. Kromodjojo Adinegoro dipindahkan dari Gedung Arca Mojokerto ke Museum Majapahit, sehingga koleksi Museum Majapahit semakin lengkap.
Denah Museum Majapahit
Mengingat kebutuhan akan informasi yang semakin lama semakin meningkat dari masyarakat tentang Majapahit, nama Museum Majapahit sempat mengalami pergantian nama dari Balai Penyelamat Arca, Pusat Informasi Majapahit dan yang terakhir menjadi Museum Majapahit BPCB Mojokerto wilayah kerja Provinsi Jawa Timur.
Walaupun terjadi perubahan, namun pada prinsipnya hal tersebut tidak merubah fungsinya secara signifikan, yaitu sebagai sebuah Museum dan Balai Penyelamatan Benda Cagar Budaya di Jawa Timur.
Candi Brahu
Secara vertikal bangunan ini dibagi menjadi tiga bagian yaitu : bagian kaki yang merupakan bagian bangunan terbawah sampai lantai bilik dan selasar, bagian tubuh yang merupakan bagian bangunan yang berdiri diatas kaki yang berfungsi sebagai penutup bilik dan penyangga atap, bagian atap yang merupakan bagian teratas bangunan yang berfungsi sebagai penutup bilik.Â
Menurut laporan, disekitar Candi Brahu dulu masih ada beberapa candi lain yang sekarang sudah runtuh diantaranya, Candi Muteran, Candi Gedong, Candi Tengah, dan Candi Gentong.Â
Disekitar komplek candi ini pernah pula ditemukan benda-benda kuno lainnya seperti alat upacara dari logam, perhiasan dari emas dan arca-arca dari logam yang kesemuanya menunjukkan atau bersifat agama Budha.
Ditilik dari gaya banginan dan sisa profil bagian alas stupa pada atap candi sisi tenggara, kemungkinan Candi Brahu merupakan candi agama Budha dan diperkirakan didirikan abad 15 Masehi. Pendapat lain ada yang memperkirakan umur candi Brahu lebih tua dibandingkan candi-candi yang ada disekitar Trowulan.Â