Pada dasarnya, anjuran mengkhitan kaum perempuan bergantung pada metode  sunatnya, sama saja jika khitan pada anak laki - laki hanya menghilangkan sebagian pucuk kulit yang menutup kemaluan.
Dilansir dari WHO, ada 4 metode yang digunakan dalam sunat perempuan.
Clitoridectomy, pemotongan sebagian atau seluruh klitoris, atau selaput di atasnya.
Excision, pemotongan sebagian atau seluruh klitoris dan/atau labia minora dengan atau tanpa memotong labia majora.
Infibulation, mempersempit lubang vagina dengan selaput penutup, dengan memotong atau mengubah bentuk labia majora dan labia minora. Sedangkan klitoris tidak disentuh sama sekali.l
Penggunaan alat-alat dalam tradisi sunat perempuan ini sangat beragam, dari mulai pisau, silet, potongan kaca. Sedangkan di Banten, simbolis dengan diusap air kunyit.
Lantas khitan yang seperti apakah yang dianjurkan kepada perempuan, sudah barangtentu khitan yang  masih sebatas kewajaran.
Melalui  Fatwa MUI No 9A tahun 2008, Majelis Ulama Indonesia menetapkan bahwa sunat perempuan adalah bagian dari syiar Islam sehingga patut dilakukan dengan batasan-batasan hukum Islam.
Sebagaimana sabda Rasulullah yang Artinya: "Fithrah itu ada lima: Khitan, mencukur rambut kemaluan, mencabut bulu ketiak, memotong kuku, dan memotong kumis" (HR. Al-Bukhary Muslim).
Pada zaman Rasulullah, anak perempuan di khitan. Rasulullah memberikan panduan kepada juru khitan anak perempuan agar tidak memotongnya sampai habis.
"Khitanlah (anak-anak perempuan), tetapi jangan dipotong habis!. Karena sesungguhnya khitan itu membuat wajah lebih berseri dan membuat suami lebih menyukainya" . Hadits Shahih, dikeluarkan oleh Imam Abu Dawud (5271), Imam Al Hakim (3/525), Imam Ibnu Adi di dalam AL Kamil (3/1083) dan Imam Al Khatib didalam Tarikhnya (12/291).
