Ada beberapa versi cerita mengenai Giri Kedaton ini. Seorang profesor dari sebuah universitas di Kota Malang mengatakan kalau Giri Kedaton bukanlah sebuah kerajaan melainkan hanya sebuah pesantren.Â
Pendapat lain mengatakan kalau Giri Kedaton memang nama sebuah kerajaan Islam yang pernah ada di nusantara dengan raja pertamanya bernama Prabu Satmata (Jawa = Satmoto) atau Sunan Giri dan berlanjut hingga keturunan dinasti Giri lainnya.
Sebelum mendirikan kerajaan yang kelak bernama Giri Kedaton itu, kisah diawali dari perjuangan Sunan Giri bertemu ayahandanya kembali yakni Syeh Maulana Ishak di Samudera Pasai.Â
Sang ayah menitahkan agar Sunan Giri mencari tempat (lokasi) yang jenis tanahnya sama dengan segenggam tanah yang telah beliau berikan ke Sunan Giri. Â
Setelah melanglang jauh sambil mensyiarkan Islam kemudian berhentilah Sunan Giri di sebuah bukit yang sekarang bernama kawasan Kebomas Gresik. Sang sunan mulai mencocokkan jenis tanah yang diberikan ayahandanya dengan tanah di daerah baru tersebut.Â
Di daerah itu beliau merasakan kedamaian dan ketentraman maka didirikanlah sebuah kerajaan yang kelak dikenal dengan nama Giri Kedaton. Â
Sebagai seorang raja, Sunan Giri dikenal sangat arif dan bijaksana. Beliau memimpin kerajaan dengan penuh kharisma. Segala sepak terjangnya menjadi teladan umat.Â
Kepemimpinan beliau juga sangat diakui oleh raja-raja dari kerajaan lainnya. Setiap terjadi prosesi pengangkatan raja-raja baru di nusantara selalu harus mendapatkan persetujuan dari beliau.
Dalam sejarah dikatakan bahwa Sunan Giri memiliki dua orang istri. Kedua istri beliau merupakan anak dari Sunan Ampel dan Ki Ageng Bungkul (Sunan Bungkul). Dari hasil pernikahan beliau dengan kedua perempuan itu maka lahirlah para sunan penerus tahta Kerajaan Giri. Â
Untuk diketahui, bahwa tak jauh dari kompleks makam Sunan Giri dan keluarganya terdapat sebuah makam atas nama Nyai Ageng Usami. Menurut informasi dari masyarakat setempat, makam itu merupakan makam istri Sunan Giri lainnya selain yang tercatat dalam sejarah. Â
Disebutkan pula bahwa di masa perjuangan menyebarkan Islam, ada seorang putri kerajaan Campa yang menaruh hati kepada Sunan Giri. Namun sang sunan menolak secara santun. Versi lain mengatakan kalau putri Campa tadi akhirnya dinikahi sang sunan. Hanya Allah sajalah yang tahu. Akhirnya putri campa tadi memeluk Islam dan membantu perjuangan Sunan Ampel.