Pada tanggal 8 Maret 1942, Jepang menduduki Indonesia setelah menaklukkan Belanda. Semenjak itu, mulailah pendudukan Jepang di Indonesia. Ketika Belanda menyerah kepada Jepang, sistem pendidikan di Indonesia pun diambil alih oleh Jepang. Â Masa pendudukan Jepang selama tiga setengah tahun merupakan masa yang menentukan bagi bangsa Indonesia, termasuk di bidang pendidikan.Â
Adapun tujuan Jepang ke Indonesia ialah menjadikan Indonesia sebagai sumber bahan mentah dan tenaga manusia yang sangat besar bagi kelangsungan perang pasifik, hal ini sesuai dengan cita-cita politik ekspansinya. Berbagai cara yang dilakukan oleh Jepang dalam mengelabuhi bangsa Indonesia untuk kepentingan politiknya. Demi kepentingan perang, Jepang mengambil pasukan dari Indonesia dengan menyuguhkan pendidikan kemiliteran. Namun, dibalik itu Indonesia banyak memanfaatkan berbagai toleransi dari pihak Jepang terutama dalam bidang pendidikan.
Pada masa pendudukan Jepang terjadi perubahan yang signifikan dalam sistem pendidikan karena penghapusan sistem penggolongan, baik penggolongan bangsa maupun status sosial. Jepang membuka sekolah-sekolah untuk seluruh kalangan masyarakat, bukan hanya bangsawan saja. Jepang menyeragamkan sekolah-sekolah dasar di Indonesia agar mudah untuk diawasi, beberapa kegiatan dan pembekalan bagi para guru sengaja dilakukan dalam rangka untuk menyamakan persepsi dan suksesnya propaganda Jepang.Â
Hilangnya sistem dualisme dalam pendidikan, menjadikan sistem pendidikan menjadi lebih merakyat. Pada dasarnya terjadi perubahan bahwa sekolah menjadi terbuka bagi semua lapisan masyarakat Indonesia, sistem baru yang relatif lebih praktis dan terarah bagi kebutuhan masyarakat, meskipun kepraktisan tersebut lebih berarti untuk keperluan kemenangan perang Jepang.
Pendidikan yang diberlakukan Jepang di Indonesia adalah pendidikan semi militer dengan menerapkan latihan fisik pada para murid, kemiliteran dan indokterinasi ketat. Bahasa Belanda dihapuskan dari sistem pendidikan, sekolah-sekolah yang menggunakan bahasa Belanda di tutup. Begitu juga materi pengetahuan yang berkaitan dengan Belanda atau bangsa Eropa dihapuskan, termasuk buku-buku pelajaran. Penggunaan bahasa Indonesia menjadi bahasa pengantar yang resmi dipergunakan baik di kantor-kantor maupun sekolah-sekolah. Akibatnya bahasa Indonesia  mulai berkembang dan dimodernkan sehingga menjadi bahasa pergaulan dan bahasa ilmiah.Â
Hal tersebut berdampak bahasa Indonesia bisa lebih dikenal oleh masyarakat, namun pendidikan di tingkat perguruan tinggi mengalami kesulitan karena buku-buku dalam bahasa Belanda atau Inggris juga dilarang. Sedangkan bahasa Jepang dan bahasa daerah menjadi bahasa kedua. Kurikulum pendidikan pun diubah untuk mencakup mata pelajaran yang mendukung tujuan militer Jepang. Ini mencakup pembelajaran tentang bahasa Jepang, moral, dan budaya Jepang.
Selanjutnya, terdapat integrasi terhadap macam-macam sekolah, nama dan istilah-istilah mulai dipergunakan di sekolah-sekolah dan lembaga pendidikan, yaitu:
- Sekolah dasar menggunakan istilah "sekolah rakyat" atau Kokumin Gakko yang terbuka bagi semua golongan penduduk tanpa pembedaan status sosial.
- Sekolah lanjutan pertama (umum) atau SMP (Sekolah Menengah Pertama) yang disebut Shoto Chu Gakko. Sekolah ini terbuka bagi semua golongan penduduk yang memiliki ijazah sekolah rakyat.
- Sekolah menengah tinggi yang terbuka bagi semua golongan, yaitu: Sekolah Menengah Tinggi atau SMA yang disebut Koto Chu Gakko, Sekolah Teknik Menengah atau Kagyo Semmon Gakko, dan Sekolah Pelayaran Tinggi.
- Perguruan Tinggi, diantaranya Sekolah Tinggi Kedokteran atau Ika Dai Gakko di Jakarta, Sekolah Teknik Tinggi atau Kagyo Dai Gakko, Sekolah Tinggi Pangreh Praja atau Kenkoku Gakuin (sebagai gantinya MOSVIA) di Jakarta, dan Sekolah Tinggi Kedokteran Hewan di Bogor.
Jepang menerapkan peraturan untuk menghormat ke arah matahari terbit karena bangsa Jepang mengakui sebagai keturunan Dewa Matahari. Selain itu, Jepang juga menerapkan etos keperajuritan kepada anak-anak sekolah dengan mengadakan olahraga senam (Taiso) dan mengikuti latihan baris-berbaris atau perang-perangan serta menyanyikan lagu kebangsaan Jepang, Kimigayo. Jepang menggunakan lagu sebagai salah satu sarana propaganda untuk menyebarkan gagasan serta meningkatkan nilai moral dan semangat. Lagu-lagu militer Jepang dan kepahlawanan Jepang berulang-ulang diajarkan di sekolah-sekolah.
Meskipun terjadi kemunduran dalam bidang pendidikan khususnya baik itu berupa kuantitas maupun kualitas. Tapi masih banyak hal-hal yang menguntungkan bangsa Indonesia. Misalnya bangsa Indonesia dilatih dan didik untuk memegang jabatan walaupun masih dibawah pengawasan.Â
Pemerintahan Jepang secara tidak langsung juga mempengaruhi kebudayaan Indonesia, kita diajarkan bagaimana caranya mengatur suatu organisasi pemerintah bahkan sampai ukuran terkecil yaitu RT dan RW, keduanya merupakan bentukan dari pemerintah Jepang di Indonesia.Â
Selain itu, menyanyikan lagu nasional di setiap kegiatan formal termasuk di sekolah-sekolah dan pembiasaan upacara bendera yang dilakukan di sekolah-sekolah dan lembaga pemerintahan saat ini juga merupakan adaptasi yang masih dilakukan hingga saat ini.