Meskipun Bach menikmati kesuksesan di Muhlhausen, ia merasa terkekang oleh posisi tersebut. Ia menginginkan posisi yang lebih menantang dan prestisius, yang memungkinkannya untuk mengembangkan bakatnya secara penuh. Pada tahun 1717, Bach pindah ke Weimar, Thringen, untuk menjadi organis di gereja St. Hermenegild.
Di Weimar, Bach menjadi lebih dekat dengan para bangsawan, terutama Pangeran Weimar, yang sangat menikmati konser-konsernya. Ia juga mendapatkan reputasi sebagai organis yang brilian dan komposer yang inovatif. Namun, lagi-lagi konflik muncul karena hubungan Pangeran Weimar dan keponakannya yang tidak harmonis. Keponakan tersebut merupakan murid Bach yang paling menonjol dan sering tampil konser bersama dengan gembira. Hal ini membuat Pangeran Weimar marah dan menghapus kedudukan Bach sebagai pemimpin musik istana. Akibatnya, Bach bersama keluarganya pergi pada Agustus 1717 dan berangkat menuju Cothen sebagai pemimpin musik.
Pada 2 Desember 1717, Bach sampai di Cothen untuk bekerja di istana Pangeran Leopold. Di sini, dia beralih fokus dari musik gereja ke musik instrumental dan menghasilkan karya-karya monumental seperti "Brandenburg Concertos" dan "The Well-Tempered Clavier". Periode paling produktif  bagi Bach adalah saat dia pindah ke Leipzig pada tahun 1723, di mana dia menjabat sebagai Direktur Musik di Sekolah St. Thomas dan memimpin koor di gereja St. Thomas. Di sini, ia menetap selama 27 tahun, dan menciptakan karya-karya besar seperti "Misa dalam B minor" dan "St. Matthus-Passion". Karya-karyanya selama periode di  Leipzig tidak hanya memperkaya musik gereja tetapi juga memperluas batasan-batasan musik pada zamannya.
Hingga usia nya yang mencapai 64 tahun pada 1749, kondisi kesehatannya turun drastis, dan daya pandangnya berkurang. Pada bulan Juli 1750, ia menjadi sepenuhnya buta. Namun, ia tetap semangat untuk bangun dan membuat lagu baru, meski tau dirinya berada di ambang maut. Ia mendiktekan irama untuk lagunya dan istri serta anaknya yang mencatat. Karya yang paling akhir menjelang kematiannya berjudul "The Art of Fugue". Pada 28 Juli 1750 pukul 20.15, ia meninggal di Leipzig dengan kondisi matanya yang buta dan tak pernah melihat kembali. Ia dimakamkan di Gereja Santo Thomas, di mana ia telah melayani selama 27 tahun.Â
Warisan dan Pengaruh
Meskipun kini sosok Johann Sebastian Bach dianggap sebagai seorang musisi jenius legendaris, nyatanya karya Bach baru dianggap penting sekitar setengah abad setelah kematiannya. Beberapa komposer besar setelahnya, seperti Mozart, Beethoven, dan Brahms, menyebut karya-karya mereka terinspirasi oleh musik gubahan Bach. Selain kejeniusannya sebagai seorang komponis, Bach juga dikenal sebagai seorang pribadi yang saleh, berdedikasi, dan penuh kasih sayang. Ia menjalani hidup dengan sederhana dan tidak ingin merasa dirinya istimewa. Warisan yang ditinggalkannya tidak hanya berupa karya-karya musik yang abadi, tetapi juga budaya, cara hidup dan teladan kehidupan yang menginspirasi.Â
