Penduduk Yugoslavia kemudian bangkit melawan pasukan pendudukan dan bergabung dengan dua kekuatan gerilya utama: kaum Chetnik yang didominasi orang Serbia pendukung raja dan kaum Partisan pimpinan Tito yang komunis. Yugoslavia pada masa ini menjadi medan pertempuran berdarah, di mana penduduknya bukan hanya memerangi pasukan pendudukan Poros namun juga saling membantai antara sesama warga--suatu preseden bagi perang antar etnis tahun 1990-an.
Hal ini terjadi karena adanya tumpang tindih kepentingan antara berperang melawan pendudukan Jerman dan upaya membersihkan negara boneka tertentu dari ras tertentu.
Di Negara Kroasia Merdeka, kaum nasionalis ekstrim Kroasia bekerja sama dengan kaum Muslim Bosnia berusaha membersihkan negara boneka tersebut dari orang-orang Serbia, Yahudi dan Jipsi. Antara tahun 1941-45, kaum Ustasa-Muslim telah membantai 750.000 orang Serbia, 60.000 Yahudi dan 25.000 Jipsi. Pembersihan etnis juga terjadi di Negara Albania Raya, di mana kaum militan Albania mengusir dan membunuh puluhan ribu orang Serbia dan orang Slavia Ortodoks lainnya, terutama di Kosovo dan Macedonia Barat, dan menggantikannya dengan para pendatang Albania dari wilayah Albania. Tragedi ini membuat trauma yang mendalam terhadap bangsa Serbia.
Perjuangan kemerdekaan Yugoslavia dilakukan dengan bergerilya melawan tentara Fasis Jerman. Kelompok militan Serbia “Chetnik” yang terdiri atas tentara kerajaan yang tidak mau menyerah kepada Turki dan Nazi Jerman bahu-membahu dengan Partai Komunis yang dipimpin oleh Tito, pada tanggal 4 Juli 1941 dapat mengusir Fasis Jerman dan sekutunya.
Kemudian pada tanggal 29 September 1943 Tito membentuk “Anti Fasist Counsil for the National Liberation of Yugoslavia”, selanjutnya hari tersebut diresmikan sebagai hari kemerdekaan Yugoslavia.
Tahun 1944 terbentuk 6 negara bagian yaitu Republik Sosialis Serbia, Montenegro, Croatia, Macedonia, Slovenia dan Bosnia Harzegovina. Pada tanggal 7 April 1945 sistem kerajaan dengan negara boneka berganti menjadi “Negara Republik Federasi Rakyat Yugoslavia” untuk mematahkan dominasi politik orang Serbia sebelumnya. Negara ini terdiri dari: Serbia, Kroasia, Slovenia, Bosnia-Herzegovina, Montenegro dan Republik Makedonia serta dua daerah otonom: Kosovo dan Vojvodina.
Tahun 1948 Yugoslavia melepaskan diri dari pengaruh Uni Soviet. Yugoslavia ingin berjalan sendiri dalam melaksanakan paham komunisme dan menjadi salah satu kekuatan vokal dalam pembentukan KTT Negara Non Blok.
Sebagian besar teritori Republik Federal Yugoslavia (Republik Federasi Yugoslavia) terletak di tengah-tengah pertemuan geopolitik kawasan Balkan, fakta tersebut menunjukkan betapa besarnya arti geopolitik yang dikandung oleh eks.negara Republik Federasi Yugoslavia. Eks.negara Republik Federasi Yugoslavia terletak di pertengahan jarak pendek antara wilayah Eropa dan Mediteranian, wilayah-wilayah eks.negara Republik Federasi Yugoslavia merupakan penghubung antara Eropa dengan Asia Timur Dekat dan Timur Jauh serta Mediteranian sehingga merupakan transit dari Euro-Asia. Eks.negara Republik Federasi Yugoslavia merupakan wilayah penyangga antara dua pengaruh yakni pengaruh eks. Pakta Warsawa dan pengaruh NATO, serta penghubung atau jembatan antara Eropa dan Turki dan negara-negara di wilayah Timur Tengah.
Yugoslavia sejak dipimpin oleh Presiden Josep Broz Tito adalah sebuah negara Komunis yang mandiri, sejahtera dan makmur rakyatnya. Dibawah Presiden Tito, Yugoslavia bisa dibilang berkembang menjadi sebuah negara industri yang cukup disegani di Eropa. Bahkan Yugoslavia konon termasuk 10 besar negara industri militer dunia dengan standar Pakta Warsawa dan NATO yang harganya sangat kompetitif. Pemerintahan Tito sendiri berakhir karena meninggal dunia pada 1980.
Timbulnya Perpecahan
Sejak Tito meninggal, perbedaan antar etnis mulai nampak, terutama ketika pada akhir tahun 80’an terjadi krisis ekonomi. Diskriminasi terhadap penduduk Serbia dan non Albania lainnya di Kosovo menyebabkan ribuan orang mengungsi dari propinsi tersebut. beberapa negara bagian ingin merdeka, krisis politik memuncak, dan partai komunis yang saat itu berkuasa terpecah. Hal tersebut membuka kembali luka lama orang Serbia dan mendorong terpilihnya Milosevic yang mengajukan program-program nasionalis Serbia sebagai presiden Serbia: status otonom Kosovo dan Vojvodina ditiadakan. Nasionalisme berdasarkan etnisitas menjadi marak. Pada bulan April 1990 diselenggarakan pemilu di negara-negara bagian. Di Slovenia dan Kroasia; daerah terkaya, partai pro kemerdekaan menang. Di Serbia dan Montenegro, partai komunis.
