Ia wafat pada tanggal 3 Oktober 1226, dalam usianya yang ke empatpuluh lima tahun dengan stigmata (Luka-luka Kristus) di tubuhnya. Dalam Gereja Katolik Santo Fransiskus adalah santo pelindung binatang dan anak-anak. Pestanya dirayakan setiap tanggal 4 Oktober.
Dalam perayaan Ekaristi, kami pun sehati sesuara mendaraskan doa indah yang diwariskan Santo Fransiskus dari Assisi kepada dunia:
TUHAN, jadikanlah aku pembawa damai.
Bila terjadi kebencian, jadikanlah aku pembawa cinta kasih.
Bila terjadi penghinaan, jadikanlah aku pembawa pengampunan.
Bila terjadi perselisihan, jadikanlah aku pembawa kerukunan.
Bila terjadi kesesatan, jadikanlah aku pembawa kebenaran.
Bila terjadi kebimbangan, jadikanlah aku pembawa kepastian.
Bila terjadi keputus-asaan, jadikanlah aku pembawa harapan.
Bila terjadi kegelapan, jadikanlah aku pembawa terang.
Bila terjadi kesedihan, jadikanlah aku pembawa sukacita.
Ya Tuhan Allah,
ajarlah aku untuk lebih suka menghibur daripada dihibur;
mengerti daripada dimengerti;
mengasihi daripada dikasihi;
sebab dengan memberi kita menerima;
dengan mengampuni kita diampuni,
dan dengan mati suci kita dilahirkan ke dalam Hidup Kekal.
Amin.
