Ayahnya sangat murka dan mengurungnya di dalam kamar. Fransiskus, dengan bantuan ibunya, berhasil melarikan diri dan pergi kepada Uskup Guido, yaitu Uskup kota Assisi. Pak Bernardone segera menyusulnya. Ia mengancam jika Fransiskus tidak mau pulang bersamanya, ia tidak akan mengakui Fransiskus sebagai anaknya dan dengan demikian tidak akan memberikan warisan barang sepeser pun kepada Fransiskus.
Mendengar itu, Fransiskus malahan melepaskan baju yang menempel di tubuhnya dan mengembalikannya kepada ayahnya. Belakangan disadarinya bahwa gereja yang dimaksud adalah semangat kekristenan itu sendiri!.
Basilika ini dibangun  pada tahun 1228 dan terdiri dari 2 bangunan gereja, yaitu bangunan gereja bagian atas, bangunan gereja bagian bawah dan makam bawah tanah, dimana sisa-sisa jasad Santo Fransiskus dikebumikan. Interior didalam gereja bagian atas adalah salah satu contoh awal bangunan bergaya gotik di Itali. Dinding gereja bagian atas dan bawah tersebut dihiasi dengan lukisan fresco dari pelukis-pelukis terkenal seperti Cimabue, Giotto, Pietro Cavallini dan beberapa seniman lukis lainnya.
Kami pun menyempatkan diri untuk mengujungi dan berdoa di makam Santo Fransiskus, yang terletak di katakombe di basilika tersebut. Relik Santo Fransiskus dimakamkan di dalam peti batu dan diletakan di atas altar. Banyak peziarah datang dan berdoa di depan altar, atau duduk disamping pagar besi, dimana relik tersebut disemayamkan. Mereka berdoa sambil menyentuh pagar besi tersebut sambil mempersembahkan lilin.
Adapun lilin-lilin ini yang telah didoakan oleh para peziarah ini akan dinyalakan di altar yang terletak di dalam seluruh basilika tersebut. Adapun derma yang disumbangkan peziarah digunakan untuk karya Fransiskan, termasuk perawatan orang sakit di seluruh dunia.
Desain dan bentuk arsitektur yang indah dan rumit, lukisan fresco, makam bawah tanah yang sederhana tapi tenang ini, menambah kekusyukan kami yang datang untuk berdoa.
Setelah kami memuaskan mata dengan melihat pemandangan secara keseluruhan dan selanjutnya perlahan-lahan berjalan turun, kami kembali ke alun-alun, dan mempersiapkan diri merayakan Perjamuan Ekaristi di kapel yang terletak di atas katakombe Santo Fransiskus. Kami semua bersyukur dan terharu karena bisa berdoa dan berada di tempat ini.
Semangat Santo Fransiskus Assisi
Tak dapat disangkal bahwa hidup dan karya Santo Fransiskus telah menginspirasi jutaaan orang di dunia, bahkan Paus Fransiskus yang adalah seorang Yesuit. Dari seorang pemuda yang kaya, dia berani meninggalkan kenyamanan dirinya untuk mengikuti Kristus. Setiap tahun jutaan peziarah berkunjung, mencari hikmat Allah dalam kesederhanaan alla Fransiskan. Inilah sukacita terbesar kita sebagai manusja, ketika kita mampu membahagiakan orang lain dengan kedamaian dan sukacita. Hidupnya yang sangat sederhana dan bersahaja
