Melalui berbagai intimidasi dan rekayasa dilakukanlah berbagai upaya untuk menghempang karir politik Mega. Kita tentu masih ingat terjadinya kericuhan pada Kongres PDI yang diselenggarakan di Asrama Haji Medan.Pada kongres itu sudah terlihat peta politik yang menginginkan Mega sebagai Ketua Umum partai.
Oleh karena Kongres Medan ricuh dan Megawati " gagal " terpilih maka penguasa tetap memberi kepercayaan kepada Drs Suryadi sebagai Ketua Umum partai. Namun massa akar rumput sudah kadung menginginkan agar Mega sebagai pimpinan partai maka perlawanan terbuka pun mulai dilakukan terhadap penguasa.
Walaupun Drs Suryadi masih tetap sebagai Ketua Umum tapi secara de fakto yang menguasai kantor Dewan Pimpinan Pusat PDI yang terletak di Jalan Diponegoro Jakarta Pusat itu adalah Mega bersama loyalisnya. Kemudian pada 27 Juli 1996 dini hari ratusan orang menyerbu kantor itu.Bentrokan fisik tak terhindari ,korban pun berjatuhan .
Mereka yang menyerbu kantor di Jalan Diponegoro itu menyebut dirinya kader kader partai walaupun ditenggarai penguasa ikut bermain ,berada dibelakang mereka yang menyerbu itu. Oleh sebahagian kalangan peristiwa itu disebut " Kudatuli" ,kudeta Duapuluh tujuh Juli.
Dengan penyerbuan yang demikian posisi politik Megawati semakin kuat dimata publik terutama yang berseberangan dengan penguasa ORBA.
Dengan posisi politiknya yang semakin kuat itu kemudian Megawati berpisah dari PDI pimpinan Suryadi dan mendirikan Partai Demokrasi Indonesia Perjuangan ( PDI-P).Â
Mengingat partai ini tidak memperoleh legalitas dihadapan penguasa maka diberbagai daerah pengurus partai harus bergerilya dalam melaksanakan aktivitasnya.
Lama kelamaan posisi politik Mega semakin kuat sementara disisi lain PDI yang dipimpin Suryadi semakin ditinggalkan para kadernya.
Sosok Mega muncul sebagai salah satu simbol tokoh yang berani melawan Orba.Menjelang kejatuhan Suharto,Megawati secara de fakto sudah menguasai massa PDI.
Sesudah Suharto lengser maka pada Pemilu 1999 diadakanlah pemilu pertama di jaman reformasi .Pada Pemilu itu ,PDI- P muncul sebagai pemenang.Walaupun meraih suara tertinggi tetapi nyatanya yang dipilih oleh Majelis Permusyawaratan Rakyat ( MPR) sebagai Presiden adalah Abdul Rahman Wahid ( Gus Dur) dan Mega hanya mendapat porsi sebagai Wakil Presiden.
Putri Bung Karno itu diangkat oleh MPR sebagai Presiden ketika lembaga tertinggi negara itu memakzulkan Gus Dur.Sebagai Wakil Presiden dipilih dan diangkat Hamzah Haz,Ketua Umum PPP.
Selanjutnya pada tahun 2004 digelar Pilpres yang untuk pertama kalinya dalam sejarah negeri ini ,Presiden beserta wakilnya dipilih oleh rakyat. Megawati maju sebagai kontestan berpasangan dengan KH Hasyim Muzadi.Pada putaran kedua Pilpres ,pasangan ini dikalahkan oleh pasangan SBY- Jusuf Kalla.
Pada pemerintahan SBY- JK,PDI- P berada diluar pemerintahan yang lajim juga disebut sebagai oposisi. Kemudian pada Pilpres 2009 ,Megawati maju lagi berpasangan dengan Prabowo Subianto.Pasangan ini kemudian juga kalah dan yang muncul sebagai pemenang adalah SBY- Boediono.