Ketika status hukum Akhtar Mansour pemimpin pendahulu Taliban ditantang, justru Akhundzada yang mencoba membujuk semua penentangnya mengakui Mansour sebagai pemimpin tetinggi Taliban, maka dari kemudian diangkat sebagai wakilnya.
Haibatullah Akhundzada diangkat sebagai panglima tertinggi Taliban pada 25 Mei 2016 sebagai pengganti Mullah Akhtar Mansour, setelah kematian pemimpin sebelumnya, Mullah Akhtar Mansour, dalam serangan pesawat tak berawak.
Mullah Akthar Mansour merupakan seorang militan kedua yang tewas ketika amunisi yang ditembakkan dari pesawat tak berawak menghantam kendaraan yang mereka tumpangi. Serangan  itu disetujui oleh Presiden AS Barack Obama.
Mawlawi Akhundzada sebelumnya memimpin sejumlah madrasah, atau sekolah agama, di provinsi Balochistan barat daya Pakistan.
Di dalam Taliban, dia dengan dihormati dengan disebut sebagai "mullah", yang merupakan sebutan untuk ulama Islam. Dan Akhundzada sendiri memiliki kepribadian yang tenang.
Menurut Mullah Ibrahim, seorang mahasiswa Haibatullah yang diwawancarai oleh The New York Times, Haibatullah pernah terjadi sebagai subjek percobaan pembunuhan di Quetta yang dituduhkan oleh Taliban kepada Direktorat Keamanan Nasional, badan intelijen Afghanistan.Â
Di Quetta suatu hari saat itu, seorang pria berdiri di antara para siswa dan menodongkan pistol ke dari jarak dekat, tetapi pistol itu macet. Kenang Mullah Ibrahim "Pria itu mencoba menembaknya, tetapi dia gagal, dan Taliban bergegas untuk menangani" katanya, dia menambahkan bahwa Akhundzada tenang tidak bergerak dalam kekacauan itu.
Di hari menjadi pemimpin utama Atta, dia menciptakan ledakan di Kabul pada hari yang sama. Saat itu, dia tidak mau bernegosiasi dengan pemerintah Afghanistan, di mangatakan akan "membawa Taliban kembali ke era Omar." Dia juga meminta pasukan asing untuk berhenti "menduduki" Afghanistan, dengan mengatakan bahwa ini adalah prasyarat untuk berunding untuk Perjanjian Damai.
Pada Idul Fitri tahun 2019, pemerintah Afghanistan menyerukan gencatan senjata antara kedua belah pihak, dan Akhundzada menjawab dengan keras: "Jangan berpikir bahwa kita akan menuangkan air dingin ke tentara yang berjuang di garis depan, apalagi kami akan lupakan 40 tahun pengorbanan sebelum mencapai tujuan kita."