Ujian nasional 2013 menimbulkan banyak permasalahan dalam pelaksanaannya.Bahkan tiada hari tanpa masalah, dan sepertinya pantas kalau ujian nasional dikatakan kacau balau. Betapa tidak karut marut ini mulai terjadi sejak proses pengandaan naskah soal, pendistribusian naskah soal, sampai pada pengerjaan oleh siswa peserta ujian di kelas. Bahkan akan sampai pada pemeriksaan atau proses pemindaian hasil ujian pada LJUN.
Proses penggandaan bermasalah dengan terlambatnya penyelesaian dari pihak percetakan untuk 11 propinsi yakni pada wilayah bagian tengah Indonesia. Untuk masalah ini terjadi saling tuding dari pihak percetakan, Kemdikbud, BSNP, dan pengawas perguruan tinggi. Namun pak Menteri Dikbud (Prof. M. Nuh) menyatakan orang yang paling bertanggung jawab terhadap problem UN 2013, meski enggan mundur karena hal itu.
Mengatasi problem pendistribusian soal ke pelosok daerah, terpaksa presiden turun tangan menginstruksikan TNI dan Polri untuk mengerahkan segala kemampuan untuk membantu distribusi soal. Tak tanggung-tanggung TNI melibatkan pesawat hercules dan foker untuk mengangkut soal ke 11 propinsi tujuan, bahkan sampai disertai dengan pengawalan Pak Wamendikbud. Sedangkan polri terlibat langsung dalam pengawalan naskah soal sampai ke kabupaten. Namun karena persebaran sekolah yang beragam, maka sekolah yang terletak jauh di pelosok atau terpencil menjadi tambah terlambat. Bahkan beberapa sekolah di Luwu Sulawesi Selatan (Bastem) dan di Kolaka Utara harus mengerjakan soal ujian pada malam hari dengan penerangan lampu minyak.
Ketika pengerjaan soal berlangsung ternyata masih banyak pula masalah yang di alami oleh siswa dan panitia penyelenggara sekolah. Beberapa sekolah tidak mendapatkan jatah soal UN, Soal tidak cukup untuk semua peserta, dan kertas LJUN yang tipis sehingga mudah sobek. Ketika naskah soal tidak tersedia dan/atau soal tidak cukup, panitia terpaksa berinisiatif untuk mengadakan naskha soal dan LJUN dengan memfoto kopi sendiri untuk sejumlah siswa di sekolahnya.
Problem naskah soal dan LJUN yang foto copy-an ini lah yang akan menimbulkan masalah lanjutan pada proses pemeriksaan hasil ujian. LJUN foto copy-an hanya berupa LJUN sementara, dan petugas teknis harus memindahkan data dan jawaban siswa pada LJUN sementara ke LJUN komputer yang semestinya. LJUN komputer/LJK yang digunakan harus disesuaikan dengan barcode soal yang digunakan siswa dalam UN. Oleh karena itu, prosesnya akan butuh waktu lebih lama atau yang lebih mudah dilakukan dengan cara manual.
Sebagaimana telah ditetapkan oleh BSNP bahwa untuk menjaga keotentikan hasil ujian nasional, maka naskah soal dan LJUN memiliki barcode yang sama. LJUN-pun menyatu dengan naskah soal. Ketika siswa hendak mengerjakan ujian, terlebih dahulu harus memisahkan LJUN dari naskah soal agar tidak kusut atau rusak. Namun sebuah kasus kecerbohan pengawas terjadi pada sebuah sekolah penyelenggara ujian nasional. Kasusnya terjadi di SMAN 1 Towuti Kabupaten Luwu timur Sulawesi selatan, di mana guru pengawas ruang ujian memisahkan naskah soal dan LJUN sebelum dibagikan ke siswa. LJUN lalu dibagi secara acak dalam satu ruangan.
Problemnya ketika membagi soal, guru pengawas kebingungan berdua dalam ruangan ujian.Mengetahui kasus ini, ketua panitia penyelenggara yang juga berperan sebagai ketua subra dan kepala sekolah (Adam, S.Pd.) mengalami kepanikan. Beruntung kelebihan soal dari ruangan ujian lain di sekolah itu, cukup untuk peserta ujian di ruang bermasalah tadi.
