Menurut Mulyanto (1987) dan Sutaman (1993), klasifikasi kerang mutiara adalah sebagai berikut:
Kingdom: Animalia
Subkingdom: Invertebrata
Phylum: Mollusca
Kelas: Pellecypoda
Ordo: Anysomyaria
Famili: Pteridae
Genus: Pinctada
Spesies: Pinctada maxima, Pinctada martensii, dan Pinctada margaritifera.
Di Indonesia, tiram mutiara yang banyak dibudidayakan adalah jenis Pinctada maxima (Goldlip Pearl Oyster). Jenis ini banyak ditemukan di perairan Indonesia Bagian Timur seperti Maluku, Nusa Tenggara Timur dan Nusa Tenggara Barat (Direktorat Jenderal Perikanan, Departemen Pertanian, 1994 dalam Tarwiyah, 2001).
Maka penelitian ini akan berfokus pada spesies tiram mutiara Pinctada maxima saja