3. Masuknya penjajah dan pengaruhnya ke wilayah dan tatanan Indonesia.
Pada masa ini, sulit untuk menemukan kebebasan, baik itu kebebasan beragama, berpolitik, berekonomi, bahkan kebebasan untuk hidup. Belanda, berlayar dan singgah, sambil membawa tiga misi, yaitu gold, glory, dan gospel.
Berlandaskan keimanan, umat Islam banyak bertempur dengan pasukan Belanda, baik itu pertempuran kecil, maupun besar. Akhirnya pun, Belanda gagal melaksanakan misi gospel secara total di Indonesia.
4. Awal abad ke-20.
Umat Islam di Indonesia mulai mencoba bangkit, seiring banyaknya gerakan umat Islam, untuk membebaskan diri dari kolonialisme dan imperialisme barat secara global.
Organisasi berlandaskan sosial dan agama bermunculan, seperti Sarikat Dagang Islam di Bogor, Persatuan Islam di Bandung, Nahdlatul Ulama di Surabaya, dan masih banyak lagi, menandakan rasa nasionalisme mulai tumbuh.
Pada masa penjajahan Jepang, beberapa ahli memiliki pendapat yang berbeda. Sebagian yang lain berpendapat bahwa Jepang memberikan akses lebih pada organisasi Islam untuk lebih berkembang.
Namun sebagian yang lain tidak, karena Jepang memiliki maksud tersendiri. Namun setidaknya, situasi ini dimanfaatkan oleh para tokoh pergerakan Indonesia.
Setelah Jepang dikalahkan oleh Sekutu, tokoh pergerakan segera mengambil kesempatan di tengah melemahnya Jepang, untuk memproklamirkan kemerdekaan.
Ada beberapa tokoh umat Islam yang menuntut, agar Islam menjadi dasar negara. Akan tetapi, hal itu dikalahkan oleh tokoh -- tokoh yang lebih cenderung pada sikap pancasilais.
5. Bangsa Indonesia mengakui keberadaan Islam pada bidang lain, tapi bukan di dunia perpolitikan.
Akhirnya, banyak pertentangan dan perlawanan bahwa Islam antipemerintah, seperti gerakan DI/TII di beberapa daerah. Bidang lain tersebut, salah satunya adalah pendidikan Islam yang masuk di sekolah -- sekolah formal, sebagai pelajaran agama, sejak tahun 1946.
Selain itu, mulai disusunnya buku pelajaran agama, jenjang madrasah yang mengikuti jenjang sekolah umum, peningkatan kurikulum madrasah, dan dibentuknya sekolah agama Islam untuk guru dan hakim.
6. Menjelang akhir abad ke-20
perkembangan dan peran Islam di Indonesia semakin pesat, salah satunya adalah berdirinya Majelis Ulama Indonesia tahun 1975, lembaga -- lembaga keuangan Islam, dan organisasi -- organisasi massa Islam.
