Sayangnya, ekosistem yang sangat bermanfaat ini secara terus-menerus mengalami degradasi. Penyebab kerusakannya antara lain konversi untuk peruntukan lain, penebangan untuk kebutuhan kayu bakar, arang dan bahan bangunan, hama dan penyakit, serta binatang peliharaan pemakan daun mangrove.
Padang lamun
Lamun mengambil karbon dioksida dari atmosfer dalam proses yang dikenal sebagai 'penyerapan'. Dua pertiga dari biomassa lamun terbenam berbentuk rimpang dan akar. Jika tidak terganggu, struktur ini, beserta lamun yang mati di sekitar tanah, mampu menyimpan karbon selama berabad-abad. Ketika padang lamun rusak atau hancur, karbon dilepaskan kembali ke atmosfer.
[caption caption="Padang lamun, Foto : ecology.com"]
Padang lamun menempati kurang dari 0,2 % dari luas wilayah lautan di dunia, tapi mampu menimbun antara 4,2-8,4 Gt (1 Gt = 1 miliar metrik ton) karbon organik per tahun. Lamun menyimpan sekitar dua kali jumlah karbon organik per hektar dibandingkan lahan daratan. Meskipun biomassa lamun yang kecil dibandingkan dengan hutan, jumlah karbon yang mereka simpan di tanah mungkin hampir setinggi yang disimpan oleh sistem terestrial dan mangrove.
Sebagian besar hutan terestrial melepas kembali karbon yang tersimpan ke atmosfer selama kebakaran hutan, namun tanah lamun dapat mengakumulasi sampai kedalaman beberapa meter sehingga dapat menyimpan selama ribuan tahun jika tidak terganggu.
Lamun memberikan habitat dengan kelimpahan makanan dan nutrisi untuk berbagai spesies. Mereka juga memberikan perlindungan dari predator, dan berfungsi sebagai tempat pembesaran bagi banyak spesies invertebrata dan vertebrata yang masih muda. Perubahan atau gangguan terhadap padang lamun merupakan peringatan adanya peningkatan tekanan akibat aktivitas manusia. Lamun sangat sensitif terhadap perubahan yang terjadi, sehingga membuatnya menjadi 'spesies indikator', sebagai barometer bagi kesehatan ekosistem disekitarnya.
Padang lamun sangat cepat mengalami kerusakan terutama akibat aktivitas manusia. Beberapa penyebab kerusakannya antara lain pengerukan dan pengurugan, pencemaran, sampah, baling-baling dan penambatan jangkar perahu, sedimentasi, topan, gelombang pasang dan predator.
Terumbu karang
Terumbu karang juga berperan dalam penyerapan karbon, karena terumbu karang menghasilkan produktifitas primer yang sangat tinggi, sekitar 1500-3500 gC/m2/tahun. Produktifitas primer tersebut berasal dari tumbuhan dan Zooxanthelae yang berasosiasi dengan terumbu karang, yang memiliki kemampuan untuk berfotosintesis yang sangat besar. Zooxanthelae juga berfungsi menjaga terumbu karang dari berbagai faktor yang merusaknya.
[caption caption="Terumbu karang, Foto : dailymail.co.uk"]
