Ada pesantren yang dari dulu sudah terlahir menjadi pesantren yang modern, tetapi ada juga pesantren yang dulunya salaf murni yang sekarang sudah mengikuti perkembangan zaman setelah itu menggabungkan antara tradisional menjadi modern dalam arti pendidikan formal dan sistem pembelajaran bahasa arab dan bahasa inggris disamping kitab kuning yang harus dahului.
Ada beberapa pesantren yang berhasil mempertahankan salafnya yaitu kemampuan membaca kitab kuning tetapi tidak mengikuti sistem modern dimana santri lancar berbicara bahasa arab tetapi kurang paham atau tidak menguasai kitab kuning. Contoh pesantren modern tetapi masih mempertahankan tradisionalnya yaitu:
- Pondok modern darussalam Gontor, Ponorogo, Jawa Timur, yang sistemnya menggabungkan dua sistem yang berbeda antara tradisional dengan modern.
- Pesantren Al-Khoirot Malang
- Pesantren Al-Khoirot Malang ini memiliki ciri khas yang ada di pesantren salaf seperti ngaji kitab kuning dengan sistem sorogan, wetonan, ada madrasah diniyah, tahfidzul Qur'an, dan memliki sekolah formal dan belajar bahasa arab kontemporer.
- Pondok pesantren Nurul Jadid, Paiton, Probolinggo, Jawa Timur.
- Pondok pesantren ini membiasakan para santrinya berkomunikasi dengan dua bahasa asing yaitu bahasa arab dan bahasa inggris
- Pondok pesantren Bata-bata Pamekasan, Madura
- Pondok pesantren Buntet, Cirebon
- ondok Pesantren Zainul Hasan Genggong, Kraksaan, Probolinggo
- Dll
Pondok-pondok modern diatas telah dibuktikan dengan alumni-alumninya yang berhasil meraih prestasi luar biasa. Misalnya sejumlah alumni Gontor yang saat ini duduk di pemerintahan, antara lain menteri agama Lukman Hakim Saifuddin, wakil menteri luar negeri A.M Fachir, wakil ketua MPR Hidayat Nurwahid dan masih banyak lagi. Itu baru di pemerintah pusat belum yang di pemerintah daerah.
Selain yang berkecimput di pemerintahan masih banyak alumni Gontor yang meneruskan studinya beberapa universitas favorit di luar negeri. Salah satu contohnya dosen IAIN Jember Nasirudin Al Ahsani, Lc., M.Ag yang mengaku Alumni Gontor dia melanjutkan studinya di Universitas Al Azar Kairo, Mesir dan salah satu universitas di Jerman hingga kini ia mendapat mandat untuk menjadi dosen di fakultas dakwah IAIN Jember.
Contoh lainnya juga dibuktikan dari beberapa santri pondok pesantren Nurul Jadid, Paiton, Probolinggo yang membiasakan para santrinya untuk berkomunikasi dengan dua bahasa asing yaitu bahasa arab dan bahasa inggris meraih juara 1 khitobah bahasa arab tingkat pelajar se-nasional oleh Muhammad Ilham dan Ahmad Idhafi yang meraih juara 1 lomba musabaqoh qiroatil kutub yang diadakan Universitas Islam Negeri Maulana Malik Ibrahim, Malang.
Disamping itu pesantren juga memberikan banyak wawasan luas tentang kebangsaan maupun kenegaraan secara tidak langsung,karena dalam pesantren diajarkan banyak hal tentang pegetahuan bagaimana cara berbangsa yang baik dan bernegara yang tepat,karena pesantren yang kini menjadi bahan sorotan maraknya jargon pesantren anti pancasila membuat pesantren makin di per erat oleh HUBBUL WATHON MINAL IMAN,dan tidak hanya sampai disitu saja,pesantren juga memberikan sarana orientasi kepancasilaan dengan rangka aksi bela negara,diadakan nya pramuka,paskibraka,dan masih banyak lagi organisasi-organisasi lain nya.
Banyak yang salah mengasumsikan bahwa pesantren itu masih berbasis kuno,padahal pada faktanya, pesantren masa kini sudah mengjikuti zaman dan era milenial, banyak pesantren yang menawarkan salaf tapi berbasic modern, di dalamnya di sediakan sekolah formal guna untuk menyeimbangkan antara pendidikan agama dan pendidikan umum serta pengetahuan yang lainnya, menyetarakan antara tata krama yang patut di teladani dan tak patut untuk di tiru dan diterapkan dalam kehidupan sehari-sehari, mungkin banyak yang berpendapat bahwa hidup di pesantren itu sangatlah susah,menderita, bahkan sangat serba kekurangan dalam segalanya, akan tetapi pada kenyataan nya dalam kehidupan pesantren diajarkan banyak sesuatu yang belum tentu kita temui di luar pesantren, misalnya saja tentang arti kesabaran untuk menunggu antrian mandi, makan bahkan untuk berwudu',disana juga diajarkan bagaimana me manage waktu dengan sedemikian rupa hingga bisa tertata segala apa yang di butuhkan dan wajib dilaksanakan.
Tradisi pesantren juga melahirkan banyak tokoh politik yang aktif di partai GOLKAR, PDIP, Partai Persatuan Pembangunan(PPP), Partai Keadilan Sejahtera(PKS) serta partai-partai politik lain nya.Â
Konfigurasi partai politik di indonesia dengan sangat mudah dapat berubah sesuai dengan situasi kehidupan bangsa indonesia dalam berbagai aspek kehidupan,keagamaan,sosial,ekonomi,politik,dan kebudayaan,tradisi pesantren adalah tradisi nenek moyang bangsa indonesia yang memiliki pengaruh besar di berbagai organisasi sosial,politik,dan kebudayaan.
Langkah para kyai memadu tradisi keindonesiaan dengan modernitas demokrasi dengan sarana memadu "TRADISI PRESANTREN DENGAN MODERNITAS DEMOKRASI",dalam pesantren juga tetap di terapkan untuk melangsungkan pemilu,keikutsertaan pemilih bahkan mencapai jumlah maksimal.Â
Mereka sabar menunggu giliran masuk ke TPS yang lamanya bahkan berjam-jam. Selama menunggu mereka bercanda,bercengkrama dengan para penunggu lain,seolah-seolah sedang mengikuti pertemuankenuri nasional.