Permasalahan pertama yang dialami oleh jurnalisme warga adalah tidak adanya perlindungan hukum bagi mereka yang melaksanakannya. Tentunya hal ini juga belum memenuhi salah satu hak dasar manusia yaitu kebebasan berpendapat, terlebih kita tinggal di negara demokrasi.
Oemar Seno Adji mantan ketua MA mengatakan bahwa sampai saat ini belum ada yurisprudensi ataupun perundang-undangan yang menegaskan perlindungan bagi keadaan wartawan. Dalam persoalan kebebasan pers sendiri dikatakan bahwa tidak ada kebebasan yang mutlak apabila menyangkut kepentingan orang lain ataupun masyarakat umum.
Dalam beberapa tahun terakhir kita masih saja mendengar adanya kasus kekerasan terhadap wartawan, dan tentunya jurnalis warga juga berpotensi menjadi korban. Contoh kasus di Indonesia sendiri adalah kasus yang menimpa Prita Mulyasari saat melawan rumah sakit Omni Internasional.
2. Kurangnya Kredibilitas Informasi
Permasalahan kedua yang sering diperbincangkan yaitu kurangnya kredibilitas dari jurnalisme warga. Hal ini dapat terjadi karena beberapa hal. Pertama jurnalisme warga memiliki pengetahuan, tujuan dan kemampuan berbeda dalam mengolah berita dan fakta yang ada.
Kedua karena siapa saja bisa melakukan praktik jurnalisme warga dan tidak semua orang paham akan nilai berita yang baik bagaimana. Pada media-media besar biasanya berita hasil jurnalisme warga akan diakui apabila sudah terlebih dahulu diverifikasi oleh editor media.
Tidak jarang kita menemukan berita hoax yang tersebar di media. Salah satu media jurnalisme warga Seword.com menjadi media yang sering menayangkan berita negatif dan provokatif, bahkan terdapat salah satu kontennya yang melakukan fitnah terhadap Anis Baswedan dalam Pilkada Jakarta lalu.
Dari kasus tersebut tentunya semakin membuat jurnalisme warga diragukan kebenarannya. Apabila hal ini terus terjadi maka jurnalisme warga dapat semakin berkurang karena tidak ada peminatnya ataupun karena dilarang oleh peraturan akibat berpotensi buruk.
3. Penerapan Etika Jurnalisme Pada Jurnalisme Warga
Persoalan yang ketiga yaitu kurangnya penerapan etika jurnalisme. Jurnalisme warga tentunya memiliki perbedaan besar pada kemampuan, pengetahuan dan etika mereka dalam melakukan kegiatan jurnalisme. Agar konten berita yang disajikan memenuhi kriteria maka penting bagi jurnalis untuk menerapkan etika jurnalisme.
Sampai saat ini masih belum ada pedoman ataupun aturan tertulis yang khusus ditujukan bagi kegiatan jurnalisme warga. Sejauh ini etika jurnalistik yang ada seperti Kode Etik Jurnalistik dan Undang-Undang Pers saja yang ada, itupun ditujukan untuk wartawan profesional. Namun seharusnya jurnalis warga dapat menggunakan aturan yang ada tersebut sebagai acuan.
