Era Sutiyoso
Studi-studi ini kemudian ditindaklanjuti oleh Gubernur DKI Jakarta Sutiyoso yang menjabat selama 10 tahun (1997-2007).
Konsep awal pembangunan MRT yang akan dibangun di Jakarta pada saat itu adalah konstruksi jalur bawah tanah yang disebut sebagai subway.
Pada tahun 2005, Presiden Republik Indonesia menegaskan bahwa proyek MRT Jakarta merupakan proyek nasional.
Sub Komite MRT pun dibentuk untuk mendirikan perusahaan operator MRT.
Di penghujung jabatan Sutiyoso Pada 18 Oktober 2006, dasar persetujuan pinjaman dengan Japan Bank for International Coorporation (JBIC) pun dibuat.
Pada 28 November 2006 penandatanganan persetujuan pembiayaan Proyek MRT Jakarta dilakukan oleh Gubernur Japan Bank for International Cooperation (JBIC) Kyosuke Shinozawa dan Duta Besar Indonesia untuk Jepang Yusuf Anwar.
JBIC pun mendesain dan memberikan rekomendasi studi kepada Pemerintah Provinsi DKI Jakarta.
Telah disetujui pula kesepakatan antara JBIC dan Pemerintah Indonesia, untuk menunjuk satu badan menjadi satu pintu pengorganisasian penyelesaian proyek MRT ini.
Pencanangan MRT oleh Fauzi Bowo
PT Mass Rapid Transit (MRT) Jakarta resmi berdiri ketika Foke menempati Balai Kota Jakarta pada tahun 2008.