Saat peristiwa 27 Juli 1996 atau yang kerap disebut "Kudatuli", Gus Dur menganjurkan Megawati untuk tidak melawan dan rujuk dengan pemerintah.
Mas Dur
Meski sempat merenggang, tak lama berselang hubungan Gus Dur dan Megawati kembali cair.
Keduanya kerap saling melontarkan pujian. Gus Dur pernah memuji Megawati sebagai negarawan.
"Orang mungkin bertanya-tanya, apa itu Mega? Kita kan tahu siapa Mega? Saya kok berpandangan lain, dan terbukti Mega memang punya bakat negarawan," kata Gus Dur.
Baca: Saat Gus Dur Jadi "Gelandangan" di Ibu Kota
Demikian pula Megawati.
Jika Gus Dur menganggap Megawati seperti adiknya sendiri, Mega juga menganggap Gus Dur sebagai kakaknya dan punya panggilan spesial: Mas Dur.
"Gus Dur adalah kakak sekaligus sahabat saya, saudara seiman yang saya hormati. Intelektualitas serta sikap mentalnya tidak perlu diragukan, bimbingannya terhadap umat sangat positif, terutama NU, kenegarawanannya perlu diteladani," kata Megawati.
Hubungan Gus Dur dan Megawati semakin erat memasuki era reformasi.
Saat itu, NU belum membentuk partai sehingga Gus Dur mempersilakan warganya memilih PDI. Keduanya bahkan sempat mengikat janji.
Pada Desember 1998, Gus Dur dan Megawati mengumumkan akan saling mendukung untuk menjadi calon presiden keempat.
Baca: Gara-gara Gus Dur, Gus Mus Jadi Penyair...
Mereka juga sepakat menempatkan Sri Sultan Hamengkubuwono X sebagai alternatif.