Siti merupakan anggota pengajian yang digelar Yayasan Lintas Orbit, bertempat di rumah salah satu tokoh Muhammadiyah, Din Syamsuddin.
Awalnya, pada September 2005, Siti beberapa kali bertemu dengan Ary Gunawan selaku Direktur Utama PT Indofarma Global Medika dan Nuki Syahrun selaku Ketua Sutrisno Bachir Foundation (SBF).
Nuki merupakan adik ipar dari Ketua Umum Partai Amanat Nasional, Sutrisno Bachir.
Baca: Disebut Terima Aliran Dana Alkes, Amien Rais Bilang "Blessing in Disguise"
Menurut jaksa, berdasarkan fakta persidangan, penunjukan langsung yang dilakukan Siti terhadap PT Indofarma merupakan bentuk bantuan Siti terhadap Partai Amanat Nasional (PAN).
Pengangkatan Siti sebagai Menteri Kesehatan merupakan hasil rekomendasi Muhammadiyah.
"Terdakwa sendiri menjadi menteri karena diusung oleh Ormas Muhammadiyah yang kadernya banyak menjadi pengurus PAN pada saat itu," kata jaksa Iskandar Marwanto di Pengadilan Tipikor Jakarta, Rabu.
Menurut BPK, penunjukan langsung yang dilakukan Siti tersebut telah memperkaya PT Indofarma sebesar Rp 364.678.940 dan memperkaya PT Mitra Medidua sebesar Rp 5.783.959.060.
Selanjutnya, keuntungan yang diperoleh PT Medidua sebagian ditransfer beberapa kali ke rekening (SBF) yang diketuai Nuki Syahrun.
Uang ke rekening Amien Rais
Berdasarkan surat tuntutan jaksa, Nuki Syahrun memerintahkan Sekretaris pada Yayasan SBF, Yurida Adlaini, untuk memindahbukukan sebagian dana keuntungan PT Indofarma kepada pihak-pihak yang memiliki hubungan kedekatan dengan Siti Fadilah.