Isi dari pasal 2 pada perjanjian San Francisco juga konfirmasi kembali pada Perjanjian Taipei (Treaty of Taipei) antara Jepang dan Repulic of China pada tanggal 28 April 1952 namun baik Perjanjian San Francisco maupun Perjanjian Taipei tidak menyelesaikan masalah kedaulatan wilayah Taiwan.
Menteri Luar Negeri Amerika ketika itu, John Foster Dulles yang terlibat pada penyusunan perjanjian San Francisco mengatakan bahwa perjanjian San Francisco tidak menyerahkan kedaulatan Taiwan kepada siapapun karena menganggap bahwa masalah Taiwan adalah masalah internal China.
Pada penandatangan perjanjian San Francisco, China tidak diundang karena masih ada perdebatan apakah People's of Republic of China atau Republic of China yang mewakili negara China.
Lahirnya Aliansi Pertahanan
Â
Selain dari perjanjian San Francisco yang ditandatangani pada hari itu juga ditandatangani pula perjanjian aliansi militer antara Amerika dan Jepang atau yang dikenal dengan Security Treaty.
Perjanjian aliansi militer ini menandakan pula awal dari sistem pertahanan Amerika yang disebut dengan San Francisco System, dimana pada sistem ini diterapkan Hub and Spokes -- istilah yang juga iterapakan pada penerbangan sipil.
Pada sistem ini Amerika menjadi Hub sedangkan beberapa negara yaitu Korea Selatan, Jepang, Australia, Taiwan, Filipina, Thailand dan Selandia Baru menjadi Spokes.
Perjanjian aliansi militer ini banyak mengundang penolakan di masyarakat Jepang hingga akhirnya direvisi dan diubah menjadi Treaty of Mutual Cooperation and Security between the United States and Japan yang efektif berlaku pada tanggal 23 Juni 1960.
Beberapa Kejadian yang Membingungkan
Status kedaulatan Taiwan sebenarnya sudah tergambar pada.perjanjian San Francisco dan bahkan jika kita kembali agak mundur sedikit tepatnya pada acara pengakuan resmi dari Jepang atas kekalahan mereka di kawasan China akan semakin menguatkan.
Ada ulasan yang menarik dari seorang profesor dari universitas Tamkang di Taipei yang bertajuk "The San Francisco Peace Treaty and the lack of conclusions on Taiwan's international status" Â dimana pada awal ulasannya sang profesor menyinggung upacara pengakuan kekalahan Jepang di kawasan China pada 2 September 1945 dan dilanjutkan dengan penandatangan deklarasi antara Jepang, Amerika dan ROC pada tanggal 9 September 1945 di Nanjing, China sebagai pengakuan resmi kekalahan dari Jepang dan salah satu perjanjian dalam rangkaian berakhirnya Perang Dunia ke 2.
Pada perjanjian tersebut ROC diwakili oleh General Hsu Yung-Chang namun penandatangan deklaraai dilakukan di Nanjing yang "berlokasi" di daratan China yang sekarang bagian dari China (PRC).
Pada dasarnya Treaty of San Francisco bukan untuk menyelesaikan masalah kedaulatan Taiwan tetapi hanya untuk menandakan berakhirnya Perang Dunia ke 2 yang termasuk didialamnya terdapat pasal dimana daerah daerah pendudukan oleh Jepang semasa perang dikembalkkan atau di restore, termasuk Taiwan.
