Pada saat dijalankannya Demokrasi Terpimpin, PKI mendominasi kursi pemerintahan di Indonesia, hal ini dapat terlihat dari banyaknya suara pemilu Pertama tahun 1955 sebanyak 6,17 juta suara.
Selain itu Soekarno juga sangat dekat dengan PKI, lalu PKI memanfaatkan popularitas Soekarno untuk mendapatkan massa . Menjelang akhir Periode Demokrasi Terpimpin PKI telah memperoleh kedudukan yang kuat dan menjadi salah satu partai terbesar dalam Pemilu Pertama.
Pada bulan Mei 1963, MPRS mengangkat Sukarno menjadi presiden seumur hidup. Keputusan ini mendapat dukungan dari PKI. Tetapi TNI-Angkatan Darat curiga melihat perkembangan yang terjadi antara PKI dan Soekarno. Hal ini dianggap sebagai sebuah upaya untuk menyaingi kekuatan TNI-Angkatan Darat dan memecah belah militer.
Timbul sebuah konflik antara Soekarno dengan pemimpin militer. lalu PKI memanfaatkan keadaan ini untuk mencapai tujuan politiknya yaitu ingin mengambil alih kekuasaan di Indonesia
Konsep Pancasila berubah menjadi konsep Nasakom (Nasionalis, Agama, dan Komunis) Konsep ini memberi peluang kepada PKI untuk memperluas dan mengembangkan pengaruhnya. Secara perlahan dan hati-hati, PKI berusaha untuk menggeser kekuatan-kekuatan yang berusaha menghalanginya.
Sasaran PKI selanjutnya adalah berusaha menggeser kedudukan Pancasila dan UUD 1945 menjadi komunis. Setelah itu, PKI mengambil alih kedudukan dan kekuasaan pemerintahan yang sah. Untuk mewujudkan rencananya, PKI mempengaruhi sistem Demokrasi Terpimpin.
Bahkan melalui Nasakom, PKI berhasil meyakinkan Presiden Soekarno bahwa Presiden Soekarno tanpa PKI akan menjadi lemah terhadap TNI
Pada 1965 muncul sebuah isu Dewan Jenderal yang akan melakukan kudeta terhadap pemerintahan Presiden Soekarno. Berdasarkan Isu tersebut terjadilah Gerakan 30 September 1965 yang menargetkan serangkaian penculikan dan pembunuhan yang menyebabkan terbunuhnya enam jenderal senior angkatan darat, yaitu :
Brigadir Jenderal Sutoyo Siswomiharjo
Mayor Jenderal S. Parman
Mayor Jenderal R. Suprapto
Mayor Jenderal M. T. Haryono
Brigadir Jenderal D. I. Panjaitan
Letnan Jenderal Ahmad Yani
PKI menargetkan tujuh jendral tetapi Jenderal A.H Nasution berhasil menyelamatkan diri. G30S ini membuat kaget Presiden Soekarno yang pada saat itu sedang sakit, untuk stabilitas nasional Presiden Soekarno memerintahkan Mayor Jenderal Soeharto yang saat itu menjabat sebagai Panglima Komando Strategi Angkatan Darat (Kostrad) untuk melakukan penumpasan gerakan tersebut. Setelah penumpasan Gerakan 30 September 1965 selesai dengan cara menangkap dan membunuh ratusan ribu anggota PKI , Mayjen Soeharto mengambil alih kekuasaan berdasarkan Surat Perintah Sebelas Maret (Supersemar).
Dengan Keluarnya Supersemar barakhirlah Demokrasi Terpimpin dan sekaligus berakhir pula masa kepemimpinan Presiden Soekarno.
