Sistem akuaponik juga memiliki beberapa manfaat, antara lain:
- Membantu program ketahanan pangan,
- Sistem akuaponik menyediakan dua kebutuhan gizi sekaligus dari satu tempat, baik dari sayuran maupun dari ikan.
- Secara berkelanjutan
- Sistem ini menciptakan lingkungan terintegrasi yang saling menguntungkan antara budidaya ikan dan tanaman, meminimalkan penggunaan air, mengurangi ketergantungan pada pupuk kimia yang akhir-akhir ini semakin terasa sulit di dapat (karena kelangkaanya), dan memberikan hasil yang lebih efisien.
- Ramah lingkungan
Teknologi akuaponik dengan resirkulasi tertutup mampu memproduksi ikan secara optimal dengan menghemat penggunaan air dan dapat memanfaatkan limbah budidaya ikan. Mengacu pada pertumbuhan ekonomi berbasis budidaya ikan yang marak di wilayah pedesaan, layak sekali sistem akuaponik di terapkan. Mengingat banyak hal terutama pembiayaan yang bisa di tekan serendah mungkin dalam pengerjaanya, sehingga di rasa cocok untuk menjadi program unggulan peningkatan ekonomi dan ketahanan pangan masyarakat khususnya dari kalangan masyarakat bawah. Bahkan jika di kerjakan dengan sabar dan ketelitian, sistem akuaponik nantinya bisa memenuhi kebutuhan gizi dan meningkatkan taraf hidup masyarakat