Salah satu penghambat Integrasi nasional yang ada sejak dulu adalah gerakan atau aksi separatisme. Gerakan-gerakan seperti ini di dorong oleh kurangnya penghargaan terhadap kemajemukan, kuatnya etnosentrisme ( menganggap golongannya diatas semua golongan lain ) dan ketimpangan pembangunan di nusantara.
Ada beberapa pemberontakan yang sempat membahayakan integrasi bangsa Indonesia dan keutuhannya. Salah satu contoh upaya disintegrasi yang diawali dari adanya ketidakpuasan sebuah daerah terhadap kebijakan pemerintahan pusat. Adalah pemberontakan RMS atau Republik Maluku Selatan yang terjadi pada 25 April 1950.
Pemberontakan ini dimotori oleh para mantan KNIL bersama dengan Dr. Soumokil mantan jaksa NIT ( Negara Indonesia Timur) yang dilatar belakangi kekhawatiran status mereka terhadap hasil Konferensi Meja Bundar (KMB). Mereka menghasut rakyat Maluku untuk menentang terbentuknya kembali NKRI dan menolak kedatangan tentara APRIS / TNI dari Jawa ke tanah Maluku.
Sesungguhnya RMS ini terjadi karena takutnya mereka di kesampingkan oleh Indonesia. Jika mereka di sampingkan oleh pusat negara, apa yang akan terjadi pada mereka? Jika kita tidak membersihkan seluruh rumah dan meninggalkan satu ujung apa yang akan terjadi? Debu akan muncul, debu-debu separatisme akan muncul dan mengotori seluruh ujung rumah.
Disisi lain sejarah Indonesia berada pemberontakan yang dilatar belakangi oleh adanya konflik ideologi yang berkepanjangan. Masalah perbedaan Ideologi pada masa-masa ini sedang memanas di seluruh dunia. Seharusnya semua orang Indonesia sudah tahu atau setidaknya pernah dengar pemberontakan yang satu ini. Ini adalah pemberontakan PKI. Atau secara lebih spesifik pemberontakan PKI Madiun.
Pemberontakan PKI Madiun terjadi di Madiun, Jawa Timur, pada September 1948. Pemberontakan PKI Madiun ini di pimpin oleh Musso, seorang tokoh Partai Komunis Indonesia (PKI). Â Musso ingin membentuk Republik Soviet Indonesia. Tetapi rencananya pada akhirnya gagal dan tertumpas pada tanggal 30 September 1948.
Perbedaan ideologi, ketimpangan pembangunan wilayah dan kurangnya penghargaan terhadap perbedaan. Mau tidak mau semua ini adalah masalah kita sebagai bangsa Indonesia untuk ditaklukki.Pemberontakan RMS dan PKI Madiun mungkin sudah terlalui. Tetapi kita masih harus lihat kedepan, lihat keadaan rumah kita sekarang.
Masih banyak pelosok-pelosok yang belum memiliki pembangunan yang sama. Banyak generasi muda yang mengikuti gerakan-gerakan separatisme. Kita harus membersihkan semua debu-debu disintergrasi ini. Indonesia harus mulai ber-upaya dalam menghadapi berbagai bentuk disintegrasi yang akan muncul.
Untuk melawan gerakan-gerakan yang berpontensial mengganggu integrasi nasional Indonesia. Pemerintahan dapat mengkuatkan pembelajaran PKN atau sejarah supaya murid-murid dapat belajar tentang integrasi nasional, toleransi dan gerakan-gerakan yang mendorong dan memundurkan integrasi Indonesia.
Pemerintah juga harus memperhatikan kondisi bagian-bagian Indonesia sekarang yang tertimpang pembangunan daerahnya. Banyak pemberontakan dan aksi separatisme yang dimulai dari hal-hal seperti ini. Kondisi masyarakat terpencil tidak boleh di kesampingkan, tetapi harus kita terus bangun. Mungkin kedepannya pemerintah bisa membuat semacam standar pembangunan daerah, yang juga bisa naik seiringnya pembangunan telah mencapai standar sebelumnya.
Murid-murid di seluruh Indonesia juga bisa membantu mendorong terus integrasi nasional Indonesia. Dengan cara-cara simple seperti saling toleransi, belajar PKN dan sejarah dan bahkan melaksanakan 5 sila dari pancasila.
