Pengelolaan air termasuk pembuatan drainase yang baik. Air irigasi tidak boleh terkontaminasi dengan bahan kimia seperti pupuk sintetis, pestisida sintetis, dan bahan cemaran pemukiman maupun industri. Upaya penetralisiran air dapat dilakukan dengan pemberian tanaman apu-apu atau enceng gondok pada tampungan air atau embung fitoremediasi.
Pemilihan benih sayuran yang digunakan diupayakan berasal dari pertanian organik, namun apabila tidak memungkinkan dan tidak tersedia dapat menggunakan benih yang dijual dipasaran (hibrida non GMO) dengan perlakuan pencucian atau perendaman sebelum dikecambahkan. Pencucian dan perendaman ini misalnya menggunakan air cucian beras/leri/tajen.
Penggunaan benih dianjurkan menggunakan benih unggul lokal atau introduksi yang tahan terhadap cekaman iklim, menghasilkan sedikit emisi gas rumah kaca, laju penyerapan CO2 dari udara tinggi, serta sesuai dengan tempat budidaya. Perawatan tanaman meliputi penyulaman bibit yang mati, penyiangan gulma, penyiraman tanaman secara teratur, pemupukan susulan menggunakan pupuk organik padat maupun cair, pemasangan ajir untuk sayuran yang tinggi/merambat, pembumbunan untuk sayuran umbi, serta penyiangan daun tua dan tunas air untuk sayuran tomat, timun dan aneka labu lain.Â
Pengendalian organisme pengganggu tanaman, dilakukan dengan memilih varietas tanaman yang resisten hama/penyakit, melakukan rotasi tanaman yang sesuai, pengolahan tanah secara mekanik, penggunaan tanaman perangkap, penggunaan mulsa dan sisa potongan tanaman, pengendalian secara mekanis (seperti penggunaan perangkap, penghalang, cahaya, dan suara), serta pelestarian dan pemanfaatan musuh alami (parasit, predator, dan patogen serangga) dengan cara menyediakan habitat yang cocok bagi musuh alami, misalnya dengan pembuatan pagar hidup dan tempat berlindung musuh alami misalnya tanaman refugia. Apabila terjadi serangan OPT yang membahayakan dapat dilakukan penyemprotan menggunakan pestisida nabati atau pestisida hayati.
Pemanenan harus dilakukan pada waktu yang tepat. Pemanenan harus dilakukan dengan cara/teknik yang tepat sesuai dengan organ sayuran yang dipanen (daun, batang, buah dan umbi) agar tidak menimbulkan kerusakan pada tanaman, menghindari penyakit pada tanaman, menimbulkan kerusakan pada produk yang dipanen atau membahayakan bagi pekerja yang melakukan pemanenan.Â
Setelah panen, dilakukan kegiatan pasca panen yang meliputi pembersihan, sortasi, pengkelasan (grading), pengemasan (packing) dan pelabelan agar kualitas dari produk sayuran organik terjaga. Dalam penanganan pasca panen ini, sayuran organik tidak diperkenankan menggunakan bahan-bahan yang dapat merusak atau mencemari sifat organik produk, seperti fumigasi dan sejenisnya.
Pemilihan benih sayuran yang digunakan diupayakan berasal dari pertanian organik, namun apabila tidak memungkinkan dan tidak tersedia dapat menggunakan benih yang dijual dipasaran (hibrida non GMO) dengan perlakuan pencucian atau perendaman sebelum dikecambahkan. Pencucian dan perendaman ini misalnya menggunakan air cucian beras/leri/tajen.Â
Penggunaan benih dianjurkan menggunakan benih unggul lokal atau introduksi yang tahan terhadap cekaman iklim, menghasilkan sedikit emisi gas rumah kaca, laju penyerapan CO2 dari udara tinggi, serta sesuai dengan tempat budidaya.Â
Perawatan tanaman meliputi penyulaman bibit yang mati, penyiangan gulma, penyiraman tanaman secara teratur, pemupukan susulan menggunakan pupuk organik padat maupun cair, pemasangan ajir untuk sayuran yang tinggi/merambat, pembumbunan untuk sayuran umbi, serta penyiangan daun tua dan tunas air untuk sayuran tomat, timun dan aneka labu lain.Â
Pengendalian organisme pengganggu tanaman, dilakukan dengan memilih varietas tanaman yang resisten hama/penyakit, melakukan rotasi tanaman yang sesuai, pengolahan tanah secara mekanik, penggunaan tanaman perangkap, penggunaan mulsa dan sisa potongan tanaman, pengendalian secara mekanis (seperti penggunaan perangkap, penghalang, cahaya, dan suara), serta pelestarian dan pemanfaatan musuh alami (parasit, predator, dan patogen serangga) dengan cara menyediakan habitat yang cocok bagi musuh alami, misalnya dengan pembuatan pagar hidup dan tempat berlindung musuh alami misalnya tanaman refugia. Apabila terjadi serangan OPT yang membahayakan dapat dilakukan penyemprotan menggunakan pestisida nabati atau pestisida hayati.
