Namun belakangan sering menjadi sorotan bahwasanya dalam Islam sering terjadi intoleransi antar alirannya. Adanya rasa fundamentalisme dalam beragama mengakibatkan kita terlalu sempit dalam melihat realitas perbedaan yang ada.
Bahkan, dari sifat fundamental itu bisa berkembang menjadi radikal yang justru sangat bertentangan dengan agama Islam itu sendiri.
 Berdasarkan beberapa kajian hasil survey dan penelitian menunjukkan trend, pendidikan atau Lembaga pendidikan hari ini menjadi salah satu objek favorit untuk mengembangkan paham-paham konservatif-radikal.
Kecenderungan akan penerimaan dan kesepahaman terhadap pemahaman-pemahaman konservatif-radikal tumbuh subur di lembaga pendidikan, terutama di tingkat sekolah menengah.
Hal tersebut tentu cukup mengkhawatirkan, mengingat sektor pendidikan merupakan medium yang memainkan peran kunci dalam menentukan kondisi sosial masyarakat, baik masa kini atau masa depan.
Dengan melihat posisi sentral serta peran vital yang dimiliki oleh pendidikan, upaya Islam moderat memiliki peluang yang sama besarnya untuk dikembangkan dan disebarluaskan secara massif di dalamnya.
Hal tersebut menuntut peran aktif Lembaga pendidikan untuk meluruskan segala pola pikir masyarakat yang keliru dan menanamkan nilai-nilai Islam yang moderat. Melalui pendidikan peserta didik diajak untuk melihat realitas yang ada bahwasanya perbedaan adalah sebuah kepastian yang ada.
 Sebagai sebuah warga negara yang berkeadaban yang tinggal di negara yang plural dan sebagai makhluk Tuhan yang diciptakan dalam perbedaan sudah menjadi keharusan untuk kita untuk berlaku toleran, menghormati dan menerima keberagaman yang ada.
Dalam hal ini pemahaman moderasi menjadi sangat diperlukan untuk membentuk sikap moderat. Moderat bukan saja pada unsur politik, sosial, dan antar agama melainkan dalam agama itu sendiri.
Menurut Yusuf Qardhawi Islam merupakan agama yang moderat dalam hal syar'iyah dan ubudiyah. Sebagaimana yang telah dipaparkan bahwasannya praktek hukum islam di Indonesia yang terdapat perbedaan seringkali menjadi alasan untuk bersikap intoleran terhadap sesama umat islam sendiri.
